一、程序的启动
根据《程序规则》第8条之规定，整个程序应当以书面形式进行，因此，当事人请求对争议进行裁决必须提交书面的申请。自国际足联秘书处收到当事人递交的书面申请后，便意味着争议解决程序开始启动。
(一)申请的受理
1.申请人的范围
根据《球员身份委员会和争议解决委员会程序规则》第6条第1款以及《国际足联运动员身份及转会规则》第22条之规定，国际足联对涉及国家足协、俱乐部、球员、教练以及赛事经纪人以及球员经纪人之间的冲突进行调停[60]。
由于这一普通规则，来自或针对上述实体以外的其他实体的申请或争议是不能被受理的。并且，对于争议解决委员会以及球员身份委员会，不同的主体享有的申请资格内容也不同。前述的国家足协、教练、有执照的赛事经纪人和球员经纪人都不允许向争议解决委员会提起诉讼，他们只能将诉求提交至球员身份委员会，也就是说，争议解决委员会并不是有资格来处理相关纠纷的机构，而他能处理纠纷的类型仅限于俱乐部和球员之间的争议。
由于球员的身份有两种，职业球员和业余球员，而根据《国际足联运动员身份及转会规则》第2条第1款之规定，球员参与有组织的足球比赛可以是业余球员，也可以是职业球员。职业球员有资格将其诉求提交至争议解决委员会这一点，不需要作进一步的解释，然而，现在的问题是，是否一名业余球员也有资格向争议解决委员会提起一个诉求?根据《国际足联运动员身份及转会规则》附件3第3条第2款，国际转会证明的问题对于业余球员转会来说也是强制性的，如果案件涉及国际转会证明的申请，争议解决委员会也有职权来处理相关争议。因此，业余球员和职业球员都有资格向争议解决委员会提起诉讼。
自从2005年版《国际足联运动员身份及转会规则》实施以来，以上的原则同样适用于俱乐部，也就是说，职业足球俱乐部以及业余足球俱乐部都有资格向争议解决委员会提起一份诉求。根据《国际足联运动员身份及转会规则》的定义，球员所在的前俱乐部以及新俱乐部分别被称为“球员将要离开的俱乐部”以及“球员将要加入的俱乐部”。显然，两个俱乐部，前俱乐部和新俱乐部可能都有业余球员俱乐部，因而，两个俱乐部都有资格向争议解决委员会提起诉求申请。业余球员俱乐部能够将其诉求提交至争议解决委员会这一规定与裁决实践相互印证，在许多案件中，业余俱乐部成为有资格的当事人。
在争议委员会的裁决实践中，某些主体因为不符合当事人的资格，其提交的诉求没有被受理，如没有获得执照的经纪人。由于没有执照的经纪人没有资格向争议解决委员会提起一份诉求，在这类案件中，争议解决委员会就没有职权对案件作出裁决。在2005年3月11日的案件中，争议解决委员会认为他对于没有执照的经纪人退款的事宜不享有管辖权因而不能作出处理，理由是代表球员在合同上签字的人是一个没有获得执业资格的经纪人[61]。
在另外一个案件中，争议解决委员会通过对案件事实进行调查，发现作为当事人的俱乐部在签订合同时是一个没有获得执照的球员经纪人代表签署的，因而，裁定其对这一案件没有管辖权。
如果一方当事人想将一份诉求提交至争议解决委员会，那么他可以请代理人来完成。这只需要当事人在提交材料时同时提交一份书面的授权委托书至争议解决委员会，但申请书上必须包含代理人的姓名和住址。争议解决委员会的裁决实践中，大多数当事人都请了代理人。
2.申请书的提交
如上所述，当事人请求对争议进行裁决必须提交书面的申请。然而根据《程序规则》第9条之规定，当事人的申请书必须以国际足联四种官方语言[62]的任意一种语言形式来将该诉求提交至国际足联秘书处，然后再通过秘书处将申请转交至球员身份委员会或者争议解决委员会。如果申请提交至错误的办公室，比如，本应由争议解决委员会处理的案件，案件却提交至了球员身份委员会办公室，那么球员身份委员会办公室将会依据职权将案件转交至争议解决委员会，而不会影响申请书的有效性[63]。
根据《程序规则》第9条，申请书应当包含当事人的姓名和地址；申请目的(诉讼请求)；案件事实；诉讼理由以及相关的证据。如果委托了代理人，也应当提交委托代理手续。证据可以是与该争议相关的劳动合同，或与案件相关的来往函件，但是这些证据也必须翻译成四种官方语言的任意一种。此外，当事人应当提供与案件相关的其他自然人或法人的姓名和地址以作证据使用。如果争议的案件属于经济纠纷，那么应当标明争议标的额。最后，申请人应当在申请书结尾处亲笔签名，并注明递交申请的时间。
如果申请人没有按照上述要求递交申请材料，那么申请书将会被退回给当事人并对其进行提示，要求当事人提交补充材料。但如果是因为申请理由不恰当或者申请的内容不属于受理范围，那么案件会被立即退回[64]。如果案件属于可以受理的范畴，那么在申请人提交申请书之后，争议解决委员会或球员身份委员会将会对该申请予以书面确认[65]。
申请受理后，申请书的副本将会被争议解决机构送达至其他当事人，并确立一个较短的时间期限，以让其针对案件作出相应答辩[66]。如果在指定的时间期限到期以前，其他当事人没有递交任何陈述或作出答辩，那么争议解决机构将根据申请人提交的相关证据作出裁决[67]。这也就是说，如果一方当事人没有根据国际足联提示的要求去应诉，那么争议作出机构将会根据事实和申请方提供的证据作出裁决[68]。
(二)裁判员的撤换与回避
委员会受理申请之后，便开始组成争议裁决小组，裁决小组通常由三名成员组成。如果委员会的成员可能因为其与该案件有私人的或直接的利益而不能履行其职权，那么委员会应当对相关委员及时撤换，并说明撤换的理由。在这一问题上，委员会成员最好是来自与争议所涉及的当事人不同国籍的国家。如果委员会小组成员与争议方当事人的国籍相同或者有其他直接利益关系，那么就有可能导致当事人对委员会成员提出回避申请[69]。
举例来说，如果目前争议解决委员会裁判小组成员分别来自意大利、巴西和法国，而一方当事人是法国国籍，那么争议解决委员会这名法国籍的成员主动回避是比较明智的。尽管该名小组成员事实上可能不会作出不公平的裁判，但是，这将使得案件中有产生不公正的可能性，尤其当该名委员作为主席身份出现时，而如果另外两名成员持不同意见时，主席享有最终的投票权，也就是说该名法国国籍的争议解决委员会主席就对涉及法国当事人的案件享有最终决定权。
另外一个案例强调了回避制度的重要性，这个案例就是2005年2月4日争议解决委员会作出的裁决。在该案件中，争议解决委员会注意到了西班牙俱乐部关于争议解决委员会成员的构成提出了质疑，尤其是关于两名成员的国籍问题，即，马里奥·盖勒沃提(Mario Gallavotti)和迈克尔·克鲁茨(Michele Colucci)，他们俩都是意大利人[70]。对于这样一个请求，两名成员在案件辩论阶段选择主动回避，因而没有参与到这个案件的裁决。后来，该案件由一名争议解决委员会主席和其他另外两名成员作出了裁决。
如果当事人合理怀疑委员会成员的独立性以及公平性，那么他们也同样可能会被当事人提出回避申请。回避申请必须在当事人了解成员有回避事由的5天之内提出，这些可能的动机必须有证据能够予以证明。如果相关成员与案件有可能的利益关联，委员会将会由其他成员对该争议作出裁决。如果委员会由于回避问题不能再运行，执行委员会将对案件作出最终的裁决，如果必要的话，执行委员会任命一个临时委员会来处理案件的事实问题[71]。