弘扬主体意识的哲学思潮
明初，作为京师的南京，其哲学是在宋元哲学的基础上发展起来的。理学仍然是这一时期占统治地位的哲学学说，并直接承继宋代程朱理学的传统。由于理学将传统伦常秩序视为天理，大大有利于封建政府的统治，明廷也将程朱理学确定为官方哲学。明太祖朱元璋将《四书》《五经》等儒家学说确立为科举教育的经典读本。明成祖朱棣即位后，鉴于儒家经典的分歧解说不利于统一思想，同时也期望借助经典的纂修整顿学校和科举，故于永乐十二年（1414年）诏令胡广等人根据程朱理学编订《五经大全》《四书大全》《性理大全》，颁布天下，不许任何人反对和非议，从而使明初南京及至全国的哲学成为程朱理学的天下，别无创新。明初“文臣之首”宋濂是程朱理学的继承者，他曾拜元儒许衡为师。其弟子方孝孺，欲将伊、周、孔、孟合为一人，在当时即被人誉为“程朱复出” (1) 。开国第一功臣刘基也以理学之徒自居，他在哲学上认为元气为天地万物之源，天不能降祸福于人，反对鬼神迷信。被称为明初“理学之冠”的山西河津人薛瑄，其学说完全继承了朱熹学说。与薛瑄并称“南北二大儒”的江西崇仁人吴与弼，也非常崇拜程朱理学，黄宗羲《明儒学案》指出吴与弼学派“一享宋人成说”。可见，明初哲学是以理学一统天下的。
明初将宣扬客观唯心主义的程朱理学定为官方哲学，心学的传播和发展受到抑制和排斥。但到明中期，随着社会矛盾的加剧，程朱理学逐渐不适应社会的需要，而且破绽百出，故陈献章等人提倡心学，后来经过湛若水、王守仁等人的弘扬，心学发展到登峰造极，王学遂占尽明代中后期理学的风流。而湛若水、王守仁的心学，实际上均是在南京期间形成或发展的。
陈献章的弟子湛若水，字元明，广东增城人。弘治五年（1492年）乡试中举，次年会试落第后前往江门师从陈献章，前后6年。后入南京国子监。弘治十八年中进士，选庶吉士，授为翰林院编修。嘉靖三年（1524年）升为南京国子监祭酒，七年迁南京吏部右侍郎，八年转礼部右侍郎，十年转左侍郎，十二年升南京礼部尚书，十五年转南京吏部，十八年转南京兵部，湛若水自出仕后一直在南京任高官。在南京任职期间，他几乎无日不讲学，足迹所及，必建书院以祀陈献章，任南京礼部侍郎时于长安街西建新泉书院，任南京礼部尚书时于江浦建新江书院，扬州又为其建甘泉书院。湛若水主要在南京撰著了反映其学术思想的《心性图说》《格物通》《雍语》《二业合一训》《新泉问辨录》《新泉问辨录续》《金陵问答》《尚书问》等书。
湛若水继承陈献章的心学思想，认为“圣人之学，皆是心学”。所谓心学，他提出，“万事万物莫非心也”，宇宙间万事万物均是心的产物，心学就是以心为本地的学说。围绕心学思想，湛若水沿袭宋儒张载精神与物质不分的元气一元论，发展出“理气一体”的结论，认为“理”“气”，或“性”“气”，或“道”“器”，只有存在状态的差别，而无本质的不同，因此“理气一体”“宇宙一理”“宇宙一心”，从而呈现出程、朱理气的色彩。由此出发，他进一步提出“心”“事”“理”三者合一，“天地古今，宇宙内只同此一个心”，从而最终站到了心学的阵营。但是，湛若水心学的核心命题是“随处体认天理”，这既是其为学宗旨，又是其思想理论不同于其师陈献章和其友王阳明的地方。何为“随处体认天理”呢？他解释，“体认天理而云随处，则动静、心事皆尽之矣”。就是说，无论何时何地，也不论体认者何种状态，或动或静，都可以体认天理。这就纠正了陈献章静坐体认天理的理论偏差。湛若水在南京著书、立说、讲学、授业，与王守仁切磋学问，共同推进了明代思想史的发展。 (2) 湛若水从学之士号称3900余人，其最出色的门人吕怀曾任南京太仆少卿，何迁曾任南京刑部侍郎，在南京的思想史上均占有一定的地位。
与湛若水同时，受湛若水影响，而心学思想影响更大的是王守仁。王守仁，字伯安，号阳明，浙江余姚人。成化十七年（1481年）状元，授修撰。正德、嘉靖时，先后任过南京太仆少卿、南京鸿胪寺卿、南京兵部尚书。受湛若水影响，王守仁在南京任职期间，专提“致良知”三字，发展了陆九渊的学说，创立“心学”，批判程朱理学，主张“心外无物”“心外无理”，成为其哲学的逻辑起点和理论基础。他说，“无心则无身，无身则无心”，“有是意即有是物，无是意即无是物”，“意之所在便是物”。在“心”与“理”的关系上，王守仁提出“心外无理”。他认为，“理也者，心之条理也”，“心即理也”，“物理不外乎吾心，外吾心而求物理，无物理矣”。王守仁把《大学》的“致知”和孟子的“良知”结合起来，提出“致良知”。与朱熹不同，王守仁的“致知格物”指的是“致吾心之良知天理于事事物物，则事事物物皆得其理矣”，即与其在外面烦琐地“穷物理”，不如不懈地从内心“致良知”。王守仁否认有见闻之知的必要，“良知不由见闻而有，而见闻莫非良知之用”，因此“良知之外，别无知矣”。王守仁强调“知行合一”和“知行并进”，反对宋儒程颐等的“知先行后”以及各种割裂知行关系的说法。王守仁的“知”，是对封建伦理道德的认识，“行”是对封建伦理道德的实践。他认为，“知是行的主意，行是知的工夫。知是行之始，行是知之成”，“知”“行”互相影响，互相渗透，“知行合一”。他对“知”“行”的依赖关系加以夸大、歪曲，提出“知即是行”。 (3) 王守仁的心学集宋明以来主观唯心主义的大成，在反对朱熹“知先行后”的主张中，强调行的重要性，在论述“知行合一并进”中强调学以致用的原则，这在明中期以前学风空疏的环境中是可取的，也是一种比较进步的思想。
王守仁以反对程朱理学的面目出现，王学又具有摆脱传统束缚的精神，这对明后期以致明清之际的思想发展都有积极的影响。 (4) 王守仁的“弟子盈天下” (5) ，其中邹守益、王畿在南京应天府城新泉书院、江浦新江书院讲学30年，传授“王学”，东南学者，尽出其门。这些弟子在各地讲授“致良知”论，王守仁心学传遍天下，甚至远及朝鲜、日本。
明中期，南京哲学除“心学”大行其道外，“气学”也获得了较大发展。其代表人物是罗钦顺和王廷相。罗钦顺，字允升，自号整庵，江西泰和人。弘治六年（1493年）进士，授为编修。十五年升为南京国子监司业，后来迁南京太常少卿、南京吏部右侍郎，嘉靖初迁南京吏部尚书，前后官于南京20年，著有《困知记》。罗钦顺为学，专力于穷理、存心、知性。最初由佛教入门，任官南雍后，“圣贤之书未尝一日去手，潜玩久之，渐觉就实” (6) ，既悟其非，乃极力抵排。罗钦顺潜心格物致知之学，与王守仁是文坛好友，但其看法完全相佐，与王守仁往复辩难。两人对格物致知的认识、如何理解良知和“礼”与“仁”的关系等方面存在很大的分歧。在王学看来，格者指的是“诚意之功”，而罗钦顺认为，心学是在片面夸大意识的作用，是禅学的滥觞，而格物在致知，是要研究纷繁的特殊事物，致知就是发现万殊之中有所统一，而不能说致知在格物。罗钦顺又认为，像王守仁那样，以“良知”为天理，并不能做到内与外的统一，因为事物本身并不以“良知”为转移，自然界并没有良知，因而不能用“良知”来解释客观事物。罗钦顺沿着程朱理学“格物致知”论的逻辑推论下去，认为事物虽非皆有“良知”，但事物都有性，性即“理”。这个“理”，是接近程朱带有伦理意义的天理。王学以“心”代替“天理”，罗钦顺则反其道而行之，将“理”与“仁”置于同一层面，成为封建伦理道德的总称。 (7) 《明史》谓，当时天下言学者，不归王守仁，则归湛若水，独守程朱不变者，唯吕枬与罗钦顺二人 (8) 。罗钦顺的这些学说，一定程度上为后来的唯物主义思想家王夫之的理论开辟了道路。
王学在明代中期经过一段时期的发展后，又分化出以平民教育为主和带有唯物主义倾向的泰州学派的创始人王艮与早期启蒙思想家李贽等。师从王守仁的王艮，字汝止，号心斋，南直隶泰州人。王艮多次游学金陵，发展“王学”，从王守仁的不分贵贱在见闻酬应中即可“致良知”出发，提出了“百姓日用之道”，指出“圣人之道”无异“百姓日用”。又从王守仁“天地万物一体”论出发，认为“人欲”就是“天理”，天理就是天然自有之理。又把格物论当作“安身立本”追求，主张“人人君子”，故有“平民学派”之称，学者称其为“心斋先生”。王艮门徒之盛，与王学的浙中王畿相当，史称阳明学派以龙溪学派的王畿和王艮的泰州学派为“得其宗” (9) 。但王艮创立的泰州学派在当时影响很大，突破了正统儒学观念而获得下层民众的支持，这也反映了社会现实的需要和思想文化的进步。
李贽，号卓吾，福建晋江人。嘉靖三十一年（1552年）中举人。历官南京国子监博士、隆庆五年（1571年）任南京刑部员外郎。在南京期间，李贽结识了南京人焦竑和理学家耿定向。万历二十六年，李贽与贬为福州同知的焦竑同到南京，并与意大利传教士利玛窦相会。反映其基本思想的《藏书》，就是在南京刊刻的。李贽喜好佛学，主张“童心说”和儒释道三教无异用说，反对把孔子思想神化为万古不变的教条，主张不以孔子之是非为是非，并否定了“六经”的神圣性。与道学家的“存天理，去人欲”的伦理说教相对，李贽提出“穿衣吃饭便是人伦物理，除却穿衣吃饭，无伦物矣” (10) 。李贽从抽象的、一般的人的观点出发，反对封建等级的先天决定论，主张男女平等。他认为人人具有德性，反对道学家认为的只有圣人有德、凡人无德的观点，因此反对以忠君作为评价人物的道德标准，其思想往往被称为“异端”。他与在南京任官的耿定向往复辩论，“发道学之隐性……读之者高其识，钦其才，畏其笔”，被时人认为“上下数千年之间，别出手眼”，其思想意旨“大都在于黜虚文，求实用；舍皮毛，见神骨；去浮理，揣人情” (11) ，深受社会普通大众欢迎。
南京除了为明代主流思想的形成和发展提供了宽广的舞台和肥沃的土壤外，还是各种对立思想交锋的场所。如讲正学的耿定向和持异端的李贽，便常常互相诘难辩论，各展其长。耿定向，字在伦，湖北黄州麻城人。嘉靖三十五年进士。四十一年督学南直隶，万历十五年出任南京都察院右都御史，两任南京高官。耿定向任职南京时，不时讲学，提倡正学，“海内士习，几为之一变”。其为学，不尚玄远，曾说：“道之不可以与愚夫愚妇知能，不可以对造化通民物者，不可以为道。” (12) 强调普通百姓日用伦常之道。其主张做法，“大都以反身默识为先，以亲师友为助，以范围曲成为征验”，人称“一言一动，皆足为学者法” (13) 。耿定向于佛学半信半不信，当时士大夫和普通百姓好禅者往往都信从李贽之说，耿定向与之辩难，常落下风。
明代后期，随着耶稣会士的来华，西方文化得以迅速传播，使得儒学在吸纳进步思想和外来文化中得以重构，呈现出向实学转变的特点和对传统文化的反思。利玛窦是最早在华传播西方科学的传教士，曾于万历中后期三次到南京传教。南京以包容和开阔的格局，对其持欢迎态度和支持精神。万历三十七年（1609年）利氏第三次来南京，在罗寺转弯处（即今南京石鼓路教堂之前身）设堂传教，这是南京第一所个人办的天主教小教堂。利玛窦在宣扬将孔孟之道和宗法敬祖思想同天主教相融合及合儒补儒超儒思想的同时，还大量介绍西方的自然科学知识。译著《天学实义》《几何原理》（与徐光启合译）等宗教和科学书籍19种，其中《万国舆图》《交友论》《畴人十篇》在南京出版或重刻。
利玛窦的布道和传播文明科学知识的活动，得到了南京士大夫的大力支持。工部主事刘斗墟将新建的官邸以半价出售，供其礼拜传教。南京礼部尚书王忠铭为其联络相关事宜，并陪同前往北京。地方最高官员应天巡抚赵可怀从驻地句容来到南京，将利玛窦接到句容，挽留款待了十天，与利玛窦讨论数学问题，并为利玛窦在自己的香堂中修建了一个祭坛，以安放利玛窦带去的十字架，毕恭毕敬地做礼拜，临分别时，还送给利玛窦一大笔钱作路费。李贽三次与利玛窦相见，切磋讨论。
西方先进自然科学传入中国后，在部分士人中产生了强烈反响，特别是得到了一些主张实学、反对空谈士人的信赖与合作，利玛窦的住所成了南京士人的聚谈场所，一些官宦甚至加入天主教并研究西方科学，号称明代天主教三个柱石的徐光启、李之藻和杨廷筠即是杰出代表。他们在反对“王学”和“气学”空谈中高扬“实学”旗帜，在崇古求实的同时，发现西方科学技术与宗教的价值。如徐光启万历二十八年赴南京结识利玛窦，从其学习天文、历算及枪炮等西方科技知识，并加入天主教，与利玛窦合作在南京翻译了《几何原理》，后又译《泰西水法》《测量法义》《勾股义》等书。自编《农政全书》《崇祯历书》。他博学洽闻，中西兼采，是我国最早加入天主教并研究和介绍西方科学的学者。
李之藻曾历南京工部员外郎、南京太仆寺少卿、光禄寺少卿、修历等职。万历三十八年加入天主教，万历四十一年在南京编译了《同文算指前编》，这是中国介绍西方笔算最早的译本，内有各种算法，并附练习题。据不完全统计，李之藻在1613—1631年间翻译出版了书籍50多种，大量介绍和传播西方科技知识和宗教、哲学思想。
杨廷筠万历三十七年曾为南直隶督学，后受洗加入天主教，出资修建圣堂，宣扬西学，并前往无锡的东林书院讲学，广泛传播西方先进的科学知识。
在东西贯通的时代背景下，明末南京成为西学东渐的重要场所，“实学”思想大行其道，逐步取代了“心学”和“气学”的空谈之道。在实学发展的同时，一批著名的科学家，如李时珍、徐宏祖、宋应星、朱载堉、王徵等也应运而出。他们与徐光启、李之藻、杨廷筠一起，以各自方式共同构成了明代“实学”主流，标志着中国古代科技开始步入近代文明。