藏东南高原边缘森林生态功能区植被类型以森林为主，森林覆盖度在60%以上，其次为草地。该区拥有众多种类的植物，区域海拔落差大，垂直带谱明显，原始森林类型众多，有常绿阔叶林、针阔叶混交林、暗针叶林等。生长着樟木、楠木、乌木、铁木、红豆杉和有“天然活化石”之称的桫椤等80多种国家级重点保护珍稀植物。还有众多拥有药用价值的植物，著名的药材有黄连、天麻、红景天、五味子、虫草、贝母、黄芩、当归、党参等；野果类有：木瓜、山丁子、猕猴桃、山核桃、杏桃、草莓、蔷薇果、枸杞、沙棘、花椒等。
