二、研究范畴
医学病原生物学主要研究与人类疾病有关的生物群体（包括细菌、病毒、真菌、寄生虫等）的生物学特性、致病机制和防治方法。
（一）病原生物的类群
1969年Whittaker提出生物分类的五界系统，将地球上所有的细胞生物分为原核生物界、原生生物界、（真）菌物界、植物界和动物界。1990年Woese按照分子进化线的不同，将所有细胞生物分为细菌域（Bacteria）、古菌域（Archaea）、真核生物域（Eukarya）等三个生物域，提出了“三域学说（three domains proposal）”。由于病毒类的起源特殊，且不具独立的完整生命特征，在分类上习惯将其列为单独一类，称为非细胞型生物。
病原生物虽然仅占已知生物中很少的一部分，但却跨越细菌域、真核生物域，覆盖原核生物界、原生生物界、（真）菌物界、植物界和动物界，加之单列一类的非细胞型生物，习惯上根据病原生物的生物学特性及致病性，分为非细胞型病原生物（医学病毒）、原核细胞型病原生物（医学细菌）、真核细胞型病原生物（医学真菌、医学原虫、医学蠕虫和医学节肢动物）。
非细胞型病原生物（医学病毒）的分类，由国际病毒分类委员会（international committee on taxonomy of viruses，ICTV）收集所有已发现和新发现病毒的详尽信息，进行科学的分类，并统一对病毒进行命名。2005年7月发表的第八次报告中，依核酸类型与结构以及病毒体的形态划分出了73个科、11个亚科、289个属和1 950个种。常见与人类疾病有关的病毒见表8-2。
表8-2 常见与人类疾病有关的病毒分类
（续表）
注：本表仅涉及典型病毒，未包括朊粒等特殊病原体，但临床上也常根据感染途径和疾病等对病毒进行命名和分类。(https://www.daowen.com)
原核细胞型病原生物的分类主要依据《伯杰氏系统细菌学手册》，将原核生物分为古菌域和细菌域，古菌域含泉古菌门（Crenarchaeota）、广古菌门（Euryarchaeota）2个门、9个纲、13个目、22个科共79个属的古细菌。真核生物是结构最为繁复的生物类群，由原生生物界、（真）菌物界、植物界和动物界四界构成。
与人类疾病有关的原核和真核细胞型病原生物主要涉及的生物类群（门）见表8-3。
表8-3 人类细胞型病原生物在生物系统中的位置
注：本表未包括所有人类细胞型病原生物涉及的门类。
*原核生物分为古细菌域与（真）细菌域两部分；人类病原生物均归属真细菌，目前的门级分类已达20余个，但有的尚有分歧，如表中支原体（无壁或柔膜菌）在医学常用的伯杰氏系统中就被置于厚壁菌内。
**有性生殖尚未明确的临时分类，包含的医学种类可能多应归为子囊菌。
（二）病原生物的命名
由于病原生物的跨界属性，其命名并不统一。病毒的命名由ICTV制定统一命名，通常根据其引起的疾病或症状、形态特征、核酸复制类型、组织细胞亲嗜性等来给予相应的名称。①以引发的疾病或症状命名：如流行性感冒病毒、肝炎病毒、麻疹病毒等。②以其形态特征命名：如轮状病毒、冠状病毒等。③以其核酸复制类型命名：如逆转录病毒。④以组织细胞亲嗜性命名：如人类嗜T细胞病毒。
细菌和真菌采用植物双名法则命名，由两个拉丁单词组成，前一单词为属名，用名词，第一个字母大写；后一单词为种名，用形容词，第一个字母小写；中文次序与拉丁文相反，种名在前，属名在后。例如，Staphylococcus aureus对应的中文名称为金黄色葡萄球菌，Staphylococcus epidermidis对应表皮葡萄球菌。当属名在前面已被提及时，细菌的属名可不用全文写出，只用第一个字母代表，如S.aureu代表金黄色葡萄球菌。有时泛指某一属生物时，可在属名后加sp.（单数）或spp.（复数）表示，如用Salmonella sp.表示沙门菌属中的细菌。
原生生物与无脊椎动物则采用动物双名法，属名在前，种名在后，如有亚种用三名法，第三个单词为亚种名，命名者与命名年份随其后。如斯氏狸殖吸虫［Pagumogonimus skrjabini Chen，1959］表示陈心陶1959年命名该虫。