美国国立医学图书馆MEDLINE/PubMed信息资源
PubMed 是美国国立医学图书馆国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）1997 年6 月26 日推出的基于因特网检索的生物医学文献数据库，提供MEDLINE数据库免费检索服务。其网址为：http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed。它具有收录范围广、更新速度快、检索系统完备、链接广泛的特点，是当今国际上最有权威的生物医学文献数据库。为提高用户对该数据库的检索效率，美国国立医学图书馆（NLM）还专门编制了《医学主题词表》（Medical Subject Headings，简称MeSH词表）。该词表是标引和检索医学文献的依据，主要起到规范主题词，使标引者和检索者在用词上达到尽可能一致的桥梁作用。了解MeSH的结构及其收词原则，对于提高医学文献检索的效率具有十分重要的意义。
（一）MeSH词表
MeSH是美国国立医学图书馆编制的权威性主题词表。它是一部规范化的可扩充的动态性叙词表，是计算机检索MEDLINE的主题词文本，也是医学情报领域使用最广泛、最具代表性的词表。美国国立医学图书馆把它作为生物医学标引的依据。该词表选用约18000 个主题词或词组，通过注释、参照系统、树状结构编码、主题词的族性类别、历史变迁和属分逻辑关系等规律，揭示词与词之间的语义关系，是一部供医学文献主题标引人员、编目人员和检索人员共同遵循使用的规范词表。
1.MeSH词表的特点
MeSH词表作为规范词表，其规范性主要体现为它的单一性和动态性。
（1）单一性 指规范概念与主题词的单一对应，即一个概念只能用一个主题词来表达。若一个概念存在同义词或某些近义词，则只能选用其中一个词作为主题词。如epistaxis和nosebleed 是同义词“鼻衄”，词表采用前者作为主题词。同时，也不允许一词多义。单一性规范的目的是避免关于同一概念的文献分散在多个不同的主题词之下，以保证检索的方便、准确和全面。
（2）动态性 指词表每年都会进行增删修订。伴随生物医学的发展和进步，文献中会不断出现新的专业术语，也有一些原有的术语被证实不够科学而被取代或删除。为了反映这种变化，NLM每年都要对MeSH词表进行增删修订。MeSH词表新增主题词主要包括近几年生物医学领域创用的新名词，也包括现有部分主题词的深化和扩展。
2.MeSH词表的词条类型
目前，MeSH词表收入的词主要有两种类型：
（1）主题词（Subject Headings） 也叫叙词（Descriptors），主要用于文献的标引和检索，包括主要主题词、地理主题词、特征词、出版类型词等。
（2）款目词（Entry Terms） 将主题词的部分同义词或近义词收入MeSH词表，称为款目词，印刷版MeSH词表用“见”（See）、“代”（X）参照指导读者使用主题词。
3.树状结构表
MeSH的树状结构表把字顺表中的主题词，按照它们的学科体系归属和逻辑关系分级排列。首先将主题词分为16 个大类，大类下又分有次级类目，次级类目下再分若干级，由大类到最下位类可达7 级。某些医学主题词可从多个方面表达，因而在树状结构表中重复出现，具有多个树状结构号，代表不同的上下位关系。树状结构中有些词后标有“NONMeSH”，这些词仅是给检索者指明逻辑关系，无其他功能，既不用作标引，也不列入字顺表，称为款目词。下面举例说明树状结构表的编排情况：
第1 级 Nervous system 神经系统 A08
第2 级 Central nervous system 中枢神经系统 A08.186
第3 级 Brain 脑 A08.186.211
第4 级 Brain stem 脑干 A08.186.211.132
第5 级 Mesencephalon 中脑 A08.186.211.132.659
第6 级 Cerebral Peduncle 脑梗 A08.186.211.132.659.413
第7 级 Cerebral crus 大脑脚 A08.186.211.132.659.413.437
树状结构表是扩大检索范围的最好工具，对于提高文献的查全率具有很大作用。如欲查2018 年PubMed 在报道了多少篇有关“splenic diseases”（脾脏疾病）的文献，首先在字顺表中找到“splenic diseases”这一主题词，其下注有C15.604.744+的树状结构号，“+”号表示该主题词还有下位主题词（如无“+”号则说明该主题词无下位主题词）。这样，就需在树状结构表中查出其下位主题词：
c15-diseases-hem ic and lym phatic（血液和淋巴疾病）
splenic diseases （脾脏疾病） c15.604.744
hypersplenism （脾机能亢进） c15.604.744.293
myeloid metaplasia （髓样化生） c15.604.744.428 c15.378.190
splenic infarction （脾梗塞） c15.604.744.617
splenic neoplasms （脾肿瘤） c15.604.744.680 c4.588.82
splenic rupture （脾破裂） c15.604.744.742 c21.866.17
splenomegaly （脾肿大） c15.604.744.805
tuberculosis，splenic （脾结核） c15.604.744.909 c1.252.40
这就是说，这些下位主题词都与脾的疾病有关，都应作为主题词进行检索，以查全所需文献。由此不难看出，树状结构号起到联系字顺表和树状结构表的作用。
4.副主题词
所谓副主题词（Subheadings），就是对主题词做进一步限定的词，也称限定词（Qualifiers），与主题词组配，加强专指性，提高查准率。如欲查找有关“乙型肝炎药物治疗”的文献，先在“主题索引”找到主题词hepatitis b，其下有blood，diagnosis，drug therapy等41 个副主题词，从drug therapy副主题词下便能找到切题文献题录。但是，副主题词与主题词的组配不是随意的，而是有规定的类目范围，如diagnosis（C、F3），表示“诊断”这个副主题词只能与C大类（疾病类）和F3 大类（行为和精神病）组配。副主题词也是随医学科学的发展而变化的。
（二）MeSH浏览器
MeSH浏览器（MeSH Browser）（https：//meshb.nlm.nih.gov/search）是基于MeSH词表的在线免费词汇查找工具，主要目的是帮助用户快速找到感兴趣的主题词，并显示该词的上下位层次关系。MeSH Brower每周更新，不仅收录最新版MeSH词表的全部主题词，还收录补充的化学名称词和款目词。其中款目词信息一般作为具体字段显示在相应词条的记录中。
1.MeSH Browser使用方法
MeSH Browser为用户提供两种查询方式——树状结构浏览和直接输入词或词根进行查找，如图2-3-1 所示。
图2-3-1 MeSH Browser查询界面
（1）树状结构浏览 通过浏览树状结构表，层层展开，用户即可在相应的类目下找到自己感兴趣的词，如图2-3-2 所示。
图2-3-2 MeSH Browser树状结构表
（2）直接输入词或词根进行查找 在该种方式下，用户可进行精确查询（Find Exact Term），“AND”查询（Find Terms with ALL Frangment）或“OR”查询（Find Terms with ANY Frangment）；也可将查询的词限定在主要主题词（Main Subject Headings）、限定词（Qualifiers）及补充概念中的某一种或全部，或者限定在化学物质名称词的词条字段中。
2.记录格式描述
MeSH Browser主要有主题词、限定词和化学物质名称词三种记录类型。
（1）主题词记录 对每一个主题词，MeSH Browser提供其树状结构号（Tree Number）、范畴注释（Scope Notes）、标引注释（Annotations）、款目词（Entry Vocabulary）、历史注释（History Notes）、允许组配的副主题词（Allowable Qualifiers）及该词的树状结构等信息，同时为相关词建立方便快捷的超级链接，最大限度地帮助用户选词。以Genetics（遗传学）为例，其作为主题词时MeSH Browser对它的描述格式如图2-3-3 所示。
(https://www.daowen.com)
图2-3-3 MeSH Browser中主题词的描述
（2）限定词（副主题词）记录 除词的树状结构号和树状结构，MeSH Browser对每一个限定词的描述格式与主题词相同。同样以Genetics（遗传学）为例，其作为副主题词时MeSH Browser对它的描述格式如图2-3-4 所示。
图2-3-4 MeSH Browser中副主题词的描述
（3）化学物质名称词记录 对于化学物质名称词，MeSH Browser提供其记录类型（Record Type）、化学物质登记号（Registry Number）、款目词（Entry Term）、对应的主题词（Heading Mapped to）和药理作用（Pharm Action）等信息。以化学物质Cordycepin（虫草素）为例，MeSH Browser对它的描述格式如图2-3-5 所示。
图2-3-5 MeSH Browser中化学物质名称词的描述
从以上介绍我们可以看出，MeSH Browser以其规范、丰富的词汇内容，全面详尽的显示信息、多种查询方式、相关词间方便快捷的超级链接和及时动态的更新维护，深受用户青睐，在生物医学信息领域有着持久旺盛的生命力。
（三）PubMed 主要内容
PubMed 收录的内容包括三个部分：
1.MEDLINE
收录1966 年以来的1100 万条文献记录，该库涉及临床医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学等领域，收录了全世界70 多个国家和地区出版的4000 多种期刊。每条记录都带有[PubMed-indexed for MEDLINE]标识，并且带有MEDLINE标记代码UI和PubMed 标记代码PMID。
2.PreMEDLINE
该数据库于1996 年8 月由美国国立医学图书馆创建。每天追加的新记录，只提供基本的引文信息和文摘。当主题词、出版类型、基因库代码、MEDLINE标记代码UI等索引信息标引完毕后，转入MEDLINE数据库，每周一次。进入MEDLINE之后，这些数据从PreMEDLINE中删除。
3.Record Supplied by Publisher
由数据出版商提供的电子文献记录，每条记录都标有[Record as Supplied by Publisher]和PMID。这些文献中属于MEDLINE收录范围的，每日将被转入PreMEDLINE中去，并赋予UI标识。而不属于MEDLINE收录范围的，如Nature、Science等综合性期刊中刊载的一篇关于地理学的文献，MEDLINE不会收录的，但出版商给PubMed 提供电子数据时包括期刊中的所有文献。PubMed 中没有被MEDLINE收录的记录只有PubMed 标记代码PMID，而没有MEDLINE标记代码UI。
（四）基本检索功能与特点
1.检索词自动转换匹配功能（Automatic Term Mapping）
可以实现词语的自动转换和匹配功能，可把用户输入的词或词组依次按照一定的顺序对照、匹配和转换，然后再进行检索。其顺序为：MeSH 转换表（MeSH Translation Table）、刊名转换表（Journal Translation Table）、短语表（Phrase List）、著者索引表（Author Index）。
（1）MeSH转换表（MeSH Translation Table） 包括MeSH主题词、副主题词、款目词及统一医学语言系统（Unified Medical Language System，UMLS）中的词汇和化学物质名称等。当检索词与该表中的词相匹配时，系统就会自动检索其MeSH词及其更专指的下位主题词并同时把该词作为文本词（TextWord）进行检索。如查找有关CT诊断肺癌方面的文献，直接输入lung cancer CT，系统将把它转换成lung neoplasms[MeSH Terms]OR lung cancer[Text Word]AND tomography，x-ray computed [MeSH Terms]OR CT[Text Word]进行检索。
（2）刊名转换表（Journals Translation Table） PubMed 所收录的每一种期刊包含期刊名全称、MEDLINE刊名缩写及ISSN号这三种不同的表达形式。键入期刊全称，系统自动将其转换成MEDLINE的缩写形式进行检索。如果期刊名也是MeSH词，PubMed 将这种没加限定的检索词作为MeSH词进行检索。若出现这种情况，要用刊名字段标识符加以限定。如果期刊名只有一个单词，亦应用刊名字段标识符加以限定，否则，PubMed 将在所有字段中检索这个单词。
（3）短语表（Phrase List） 该表收录几十万条短语，由MeSH词表、UMLS 中的词汇和增补概念物质名称表（Supplementary Concept Substance Name）组成。如果在MeSH转换表和刊名转换表中没有找到相匹配的词汇，系统将在短语表中进行查找。
（4）著者索引（Author Index） 检索时，如按系统规定的方式输入作者姓名，则检索仅在著者索引中查找。如果只输入作者的姓，PubMed 将在所有字段中检索而不仅在作者字段检索。对于在上述四个表中未找到所匹配的词，系统就会从左至右逐个拆词再重复执行上述转换过程，直到找到所匹配的词为止。如果仍未找到匹配词，系统就会把单个词用逻辑与（AND）组配并到所有字段中进行检索。
2.截词功能（Truncation）
可以使用“*”号作为通配符进行截词检索。在一个单词后跟上星号（*）可以检索带有这个词头的所有词，如：“bacter*”可检索以“bacter”开头的所有词如“bacteria”“bacterium”“bacteriophage”等。词头加星号不包括以词头为首的词组。使用截词功能时，系统将不执行Automatic Term Mapping功能。
3.短语检索（Phrase Searching）
也叫强制检索功能。如果在短语上加上双引号“”，系统将不执行Automatic Term Mapping功能，而将其作为一个特定的短语词组在数据库的全部字段中进行检索。
（五）检索方法与操作步骤
1.页面介绍
地址栏输入“https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/”，可以看到PubMed 的主页如图2-3-6 所示，主要由以下几个部分组成：
图2-3-6 PubMed 主页界面
①下拉选框。提供了NCBI其他数据库的链接。②检索提问栏。在提问栏内直接输入检索词，点击执行按钮“Search”，进行检索。③Advanced。链接到高级检索界面，进行两个或两个以上检索词的检索。④Using PubMed。PubMed 使用说明包括PubMed 快捷启动向导、帮助文件全文、答疑、PuMed 教程、值得注意的问题等。⑤PubMed Tools。PubMed 工具有PubMed Mobile、单个引文匹配器、批量引文匹配器、临床咨询、特殊主题咨询等。⑥More Resources。更多数据库资源有MeSH数据库、NCBI杂志数据库、临床试验等。⑦Latest Literature。最新文献，指高频访问杂志的新文献，分不同主题列表显示。⑧Trending Articles。相关文章，即近期增长的PubMed 访问记录。
2.基本检索
PubMed 为用户提供多种适合用户需求的检索方法。用户可以把具有任何实质意义的检索词，如主题词、关键词、著者姓名、刊物名称等，直接输入检索提问栏内，然后点击“Search”或回车，系统将按照Automatic Term Mapping功能进行自动匹配、转换，并执行检索，也可以用布尔逻辑算符及特征栏提供的辅助检索功能编制的复杂检索策略。
（1）关键词检索
例：检索维生素C（Vitamin c）在普通感冒（common cold）中的运用方面的文献。
第一步，在检索提问栏内直接输入vitamin c common cold；第二步，点击Search 键，系统以摘要方式、最新文章排序、每页20 条记录方式显示检索结果。此时，在Search Details框内可以发现，系统将所输入的检索词自动转换成检索策略式：（”ascorbic acid”[MeSH Terms]OR（”ascorbic”[All Fields]AND”acid”[All Fields]）OR”ascorbic acid”[All Fields]OR”vitamin c”[All Fields]）AND（”common cold”[MeSH Terms]OR（”common”[All Fields]AND”cold”[All Fields]）OR”common cold”[All Fields]）。
（2）著者检索
例：检索Bishop B.发表的文献。
在检索提问栏内直接输入Bishop B.，然后点击Search，完成检索。检索策略式为：Bishop B.[Author]OR Bishop B.[Investigator]。如果只输入著者的姓，则系统将在MeSH转换表、短语表以及著者索引中进行匹配。
（3）刊名检索。可使用基本检索方法、字段限定方法、limits辅助检索方法、journals da-tabase进行刊名检索，如果是查找特定期刊上的特定文献还可以使用文献匹配器检索。
例：检索期刊JAllergy Clin Immunol
方法1：在检索框内直接输入JAllergy Clin Immunol，然后点击Search。
方法2：在框内输入JAllergy Clin Immunol[ta]。
方法3：在右侧More resources中选择Journals In NCBIDatabases（即NLMCatalog），输入JAllergy Clin Immunol，点击Search，完成检索。
如果所检索的刊名恰好是MeSH词或单个词，则在刊名后必须加字段限制符[ta]。
如果刊名中有括号，应将括号省略，如JHand Surg[Am]应输入“ JHand Surg am。
（4）布尔逻辑检索。PubMed 支持布尔逻辑检索，运算符号必须大写。分别是：逻辑“与”（AND），逻辑“或”（OR），逻辑“非”（NOT）。运算顺序是从左到右执行，可以通过（）改变运算次序。布尔逻辑检索允许在检索词后附加字段标识以限定检索字段，字段标识要用方括号括起来。
如：检索有关阿司匹林（aspirin）引发儿童哮喘（ashma）方面的综述文献。
第一步，在检索栏内直接输入检索式：（（（asprin adverse effects） AND ashma chemically induced）AND review[PT]）AND child。第二步，点击Search，完成检索。
3.Advanced 高级检索
点击Advanced 链接，进入高级检索界面，在检索式生成器Builder中编辑详细的检索要求，可以进行更为细致精准的检索。如字段的限定，如图2-3-7 所示。选择某个字段后，点击show index list，会列出该字段的可选内容。如选择Language字段后，点show index list，会显示语种，如图2-3-8 所示。
图2-3-7 限定检索界面
图2-3-8 语种的限定
History主要用于查看检索策略和检索结果的数量。点击History可以显示检索史，包括检索序号、检索策略、检索时间和检索结果的数量，并且可以直接利用已有检索式编制新的检索策略。如果要删除检索史，点击Clear History按钮。系统最多保存100 个检索式。
剪贴板（Clipboard）用于保存和打印检索结果。剪贴板主要用于存储从检索结果中选择的若干条记录，以便集中显示、打印和保存。最多可存储500 条记录。在检索结果显示界面标记所需要的文献，打开Send to键后面的下拉菜单选择Clipboard，然后点击Send to键，将选择的记录添加到剪贴板中去，此过程可多次进行，然后点击特征栏上的Clipboard 键，系统会显示所有被选中的文献记录，可集中对这些记录进行打印或保存。
4.Search Details
在检索结果显示界面上，系统会详细显示在提问栏中输入的检索式被PubMed 的自动词语匹配功能、检索规则和句法转换后的详细检索策略。可以在PubMed Query栏中直接修改检索式并点击Search 按钮，再次发出检索请求。点击URL，系统返回结果显示界面，详细的检索策略显示在提问栏内，作为该页面的一部分，然后使用浏览器的收藏夹功能，将该页面存储在书签中，方便以后使用。详细检索策略如图2-3-9 所示。
图2-3-9 详细检索策略
（六）其他检索功能
1.Journal Database
使用期刊数据库可以通过刊名或刊名中的词汇、刊名缩写和ISSN查询特定期刊发表的文献。点击该页面中的journalswith links to publisher web sites可以看到与PubMed有全文链接的期刊目录，如图2-3-10 所示。
图2-3-10 期刊数据库检索界面
2.MeSH Browser
使用该功能可以浏览MeSH词表，选择规范化主题词、副主题词、查看词义注释、浏览树状结构等。可执行主题词检索，提高检索效率。
3.Citation Matcher
使用引文匹配器可以通过输入书目信息查找特定文献或任意文献的PMID，包括Single Citation Matcher和Batch Citation Matcher两种。点击左栏的Single Citation Matcher按钮，然后按照界面提示分别输入书目信息，如刊名、出版日期、年、卷、期、论文的起始页码及著者姓名中任一项目或多项组合检索某一特定文献或一组文献；或者点击Batch Citation Matcher，可以一次查找大批特定文献，该功能主要供文献出版商使用。
4.Clinical Queries
临床询问功能主要是为临床医师设置的。界面上设有临床医生常用的诊断、治疗、病因和预后四个类目，此外还设置了查全率和查准率的选择。
（七）检索结果的处理
1.检索结果显示
在检索结果界面，可以对检索结果的显示格式和条目数进行设定，如图2-3-11所示。
图2-3-11 检索结果界面
默认格式为Summary，通过点击Summary按钮旁边的下拉菜单，可以选择其他格式，如Abstract、Brief、Citation 和MEDLINE等（其中较完整的是MEDLINE格式）。
点击“Send to”后的下拉菜单，选择text，然后点击“Send to”按钮，系统以纯文本格式显示记录。点击“Show”后的下拉菜单，可以选择每页显示的记录数，系统默认为20 条。点击“Sort”下拉菜单，可以选定检索结果，按照作者、刊名和发表时间进行排序。
2.检索结果的保存
打开Send to后面的下拉菜单选择file然后点击Send to键可存储所有命中记录。最多可存储10 000 条记录。保存时系统默认的文件名为query.fcgi，如果需要在文本编辑器或字处理软件中打开文件，可以将文件的扩展名.fcgi改成.txt。也可以利用浏览器的存储功能把检索结果按照HTML格式保存。
3.检索结果的打印
使用浏览器的打印功能，只能打印网页上显示的记录。在打印前可使用Show键来增加每页显示的记录数，以便能用一页纸显示所有记录（每页最多可显示500 条）。
4.获取记录相关资源
（1）联机获取全文 系统为每条能联机获取全文的记录都设置了相关超链接。在显示结果界面，通过Display键所带的下拉菜单，选择记录的Abstract、Citation 或Linkout显示格式都能获取这些超链接，可以直接联机获取原文，其中部分可以免费阅览和下载。
（2）向NLM索取原文 利用“Send to”后下拉菜单中的Order可实现。
（3）Linkout格式能获取记录的其他相关资源
（4）NCBI其他数据库相关信息 从每篇文章右侧的按钮或Display的下拉菜单，可链接到其他资源。
（5）获取记录的相关文献 每篇文献都有相关文献。点击其右侧的Related Articles，便可以看到一组与其相关的文献。