利用微生物的某种表面结构成分（抗原决定簇）制成不含有核酸、能诱发机体产生抗体的疫苗，称为亚单位疫苗。其特点是仅有几种表面蛋白，能消除病毒（细菌）的许多无关抗原决定簇和粗制或半提纯的病毒（细菌）制剂诱发的抗体，从而减少疫苗的不良反应和提高疫苗的效果。亚单位疫苗的不足之处是免疫原性低，需与佐剂合用。
目前在用的亚单位疫苗有A群流脑多糖疫苗、无细胞百日咳疫苗等。
