程海湖水源主要为地下水源与地表水源补给。
一是程海湖东北部，有地下泉，源出湖中，为主要来源。二是旧志载，坝箐河水经清泉鸡鸣山侧，伏流入海。三是湖周河流，湖东之刘家河、蒲米河、团山河、季官河，湖西之洱崀箐、金早郎箐，湖北黑伍周围之山箐诸水，均渗流其中。
