栏目、版式、稿件及出版
（一）栏目
2005年，《中国医院药学杂志》的栏目主要有：“研究论文”（制剂研究、新药研究、治疗药物监测、药动学、药品质量、药物配伍和相互作用、药物应用再评价）、“药物与临床”（临床疗效观察、临床用药分析、临床合理用药、药物不良反应及其防治）、“综述”“药事管理”“医院制剂”“经验介绍”“药物不良反应”“医药企业”与其他。
2011－2020年，为适应医院药学的发展，杂志对栏目设置做了调整，取消原来的“科技简报”“医院制剂”“医院调剂”等栏目，设置了“药学服务与实践”与“药物警戒”等栏目，使杂志栏目设置更加符合当前医院药学的特色和热点。同时，为扩大对外宣传，《中国医院药学杂志》从2014年第1期起，除“药物不良反应”栏目病例个案报道外，所有论文均使用中英文摘要，最大限度地满足广大作者需要。
此外，针对医院药学工作的特点，编辑部根据时下热点，开设“专栏”，就基层药学服务的重点和热点问题，让广大专家发表自己的学术观点，广泛探讨，效果显著。
2009－2020年，编辑部开办“药剂科风采”栏目后，国内100多家医院的药学部门充分利用该栏目，展示医院在药学专业领域的发展成果，宣传医院的特色、专科特点等，促进了同行间的交流及医院药学的发展，让更多人了解到医院和药剂科的建设，增强了专业领域内的相互了解。
《中国医院药学杂志》从2004年第1期起开辟“医院药学继续教育”栏目，每期10题，全年共120题。参加答题的读者，经中国药学会评审合格后发放继续教育学分。栏目推出后，读者反映良好，答题踊跃，取得了良好的社会反响，一定程度上提高了杂志的影响力。
（二）版式
1981年创刊为季刊，每期64页，16开本；1982年改为双月刊，每期64页；1983年改为月刊，每期48页；1999年改为大16开本，每期64页；2005年，每期扩充为96页；2006年，每期扩展为120页。随着事业的发展，以及杂志间的竞争，《中国医院药学杂志》从2008年起改为半月刊，每期80页，2012年扩展为每期96页，2018年起为每期100页。(https://www.daowen.com)
（三）稿件及出版
为提高杂志信息量、加快刊出周期、增强杂志竞争力，杂志不断调整版面，适当扩版。经过扩版后，论文刊出数量明显增加，平均每年刊出500多篇，刊用率为18%左右，刊出周期由过去平均10个月以上逐步到现在的8个月左右，信息发表周期明显加快。同时，编辑部注重杂志的学术特点，紧紧围绕医院药学这一主题，严格控制刊出论文质量，研究性论文占整个论文的60%，省级以上的基金论文达到50%以上，国家级以上的基金论文达到20%以上。
2010年，编辑部制定稿件管理办法，从稿件的收稿到刊出制定了一系列措施，要求每位编辑对所分配稿件进行严格管理，同时加强责任心教育，以确保刊出稿件的质量。
2011－2020年，针对杂志来稿量大、编辑部工作人员少的情况，编辑部围绕杂志科学可持续发展的要求，积极应对，坚持科学管理，提高工作效率，不断调整和完善杂志工作思路及各项计划。针对稿件刊出周期较长的问题，编辑部在半月刊的基础上，进一步完善专家在线审定稿系统和编辑在线处理系统，实现所有来稿各阶段均在线处理。针对编委及专家各自所处领域的学术特点及要求制定出翔实的稿件审稿要求和标准，缩短了稿件的处理周期。
通过对稿件的严格管理，杂志学术地位不断提高，作者踊跃投稿，来稿量2014年为3 170篇、2015年3 450篇、2016年3 540篇、2017年4 280篇、2018年4 300篇、2019年4 320篇、2020年4 270篇，逐年提高，充足的稿源为杂志学术水平提高提供了保障。
2011－2020年，每年刊用稿件500多篇。来稿数量逐年递增，而论文刊出数逐步减少，主要原因：一是在提高稿件质量的同时，增加英文摘要，除药物不良反应个例报道外，所有论文均附英文摘要；二是扩大了研究论文所占的比重，使研究性论文占期刊论文总数的60%以上。其间，共出版杂志240期，发行100多万册，刊出论文5 000余篇，其中研究性论文占比从2010年前的40%提升到了现在的60%以上，基金性论文占比从2010年前的20%左右提升到目前的50%以上。论文总被引频次：每年保持在3 000次以上，综合评价总分保持在国内药学系列期刊前茅。中国科技期刊引证报告中核心影响因子2011年为0.39，2012年为0.36，2013年为0.41，2014年为0.52，2015年为0.617，2016年为0.650，2017年为0.782，2018年为0.921，2019年为0.967，2020年为0.902，总体呈增长趋势。《中国医院药学杂志》连续9次被《中文核心期刊要目总览》收录。
为提高杂志影响力，《中国医院药学杂志》从2013年起与中国知网合作实行整期优先出版、2017年加入中国知网《中国学术期刊（网络版）》录用定稿网络首发，最大限度地扩大了杂志的网上传播效果；杂志刊用周期由平均10个多月缩短至2020年的8个月，部分基金论文刊期在6个月以内，充分提升了论文的时效性。