独具特色的植物
被雨雾浸润过的九连山原始森林，犹如一块巨型翡翠，青绿欲滴，晶莹剔透。雨过天晴，阳光从高大的树枝缝隙照进林间，光芒四射，金色灿烂。有蝉声高唱，森林却显得更加宁静；传鸟鸣声声，深山倒是越发清幽。
奇特板状根
位于南岭腹地的九连山原始莽林，树木异常挺拔修直，它们有的高大苍劲，有的清秀奇美，有的俊俏挺拔，华盖擎天，直插云霄。有些古树，主干硕大得两个人都环抱不下。这里不仅植物种类丰富，而且还保存有大量的古老物种、孑遗植物与活化石植物，堪称珍稀物种的宝库。现已查明的高等植物有297科、1112属、2838种，分别占江西省高等植物科、属、种的84.3%、65.6%和54.4%；分别占全国高等植物科、属、种的62.7%、29.7%、9.3%。
蕨类植物在植物系统发育过程中是最原始的维管束植物类群。九连山保护区已查明的蕨类植物有188种，占江西省种类的43.3%。起源于古生代石炭纪的桫椤科植物的所有种类均被列为国家Ⅱ级重点保护植物，九连山保护区分布有成片的粗齿桫椤。2002年，在九连山自然保护区，专家惊喜地发现了面积约500平方米、数量百余株的恐龙时代植物——粗齿桫椤。这是在江西南部首次发现如此众多且密集分布的恐龙时代植物。这一发现，为研究南岭山地的古植物学、古气候学和古地理学提供了极其珍贵的科学依据。这里，既有中生代的孑遗植物，如起源于三叠纪的紫萁、白垩纪的瘤足蕨、观音坐莲、晚古生代的银杏等，又有热带和亚热带物种的阔叶林。因此可以说，九连山自然保护区是一处古老植物的“活化石库”和“避难所”。
起源于中生代白垩纪的南方红豆杉、竹柏，起源于中生代的三尖杉等，在九连山保护区不仅有千年古树，而且天然更新良好。九连山保护区核心区有银杏古树和南方红豆杉古树组成的罕见的古树群落。在坪坑村，有十余棵逾越千年的南方红豆杉林，树枝繁茂，冠大叶密，秋季串串红果结满枝头，煞是喜庆。裸子植物中的藤本植物小叶买麻藤和罗浮买麻藤，因目前植物学界对其在植物系统发育的地位尚无法确定，所以具有很高的科研价值。
被子植物中木兰科、樟科、壳斗科等，都出现于中生代白垩纪以前。其中木兰科最古老。南方天然林中木兰科植物种属的多寡和种群数量的大小，可作为该林分原生性和自然度的判别依据之一。江西省木兰科有6个属，九连山保护区木兰科植物有5属19种，而且木莲属、含笑属和木兰属的树木在九连山森林中是重要的组成成分。
在九连山，有不少中国特有的植物。中国种子植物特有属257属，江西省分布有50属，九连山保护区分布有19属42种，如杉树、大血藤、地构叶、杜仲、樟叶槭、喜树、广东紫珠、广东大青、青钱柳、毛药花、出蕊四轮香、四棱、观光木、伯乐树、半枫荷等。珍稀植物种类也多。
属于1999年颁布的《国家重点保护野生植物名录》（第一批）的有21种（不含引种栽培种），占江西省分布的国家重点保护野生植物种类的38.2%，如南方红豆杉、伯乐树、粗齿桫椤、金毛狗、苦槠、喜树、半枫荷、花榈木、闽楠、楠木、鹅掌楸、樟树等。
属于《中国植物红皮书》的种类有24种（不含人工引种栽增种），占江西省种类的46.45%。其中属Ⅱ级保护的有福建柏、鹅掌楸、杜仲、伯乐树、观光木、伞花木等10种；Ⅲ级保护的有油杉、长苞铁杉、白桂木、银钟花、短萼黄连等15种。属江西省省级重点保护植物有77种，占全省总数的47.2%，如东方古柯、江南油杉、木莲、乳源木莲等。
属于《野生动植物濒危物种国际贸易公约》名录的有金毛狗、粗齿桫椤等68种，兰科植物所有的野生种都是《野生动植物濒危物种国际贸易公约》的保护范围，大多属于珍稀植物。九连山已查明的兰科植物有60种，占全省的58.3%，其中兰属有7种，如建兰、蕙兰、寒兰、春兰、多花兰、兔耳兰和墨兰等；石斛属有钩状石斛、黑节草、重唇石斛和石斛等。
中国林业专家在九连山保护区核心区开展伞花木资源调查及遗传学分析时，在某沟谷中发现了成片分布的伞花木群落。该沟谷呈东南走向，海拔自517米至641米，群落面积103.1公顷，分布有伞花木约230株，是江西省发现的最大的伞花木群落。伞花木属无患子科落叶乔木，雌雄异株，为中国特有。
九连山的生物景观资源丰富多彩，其中最为典型的是亚热带常绿阔叶林景观和热带性生态景观如板状根等，这些是同纬度地区所罕见的独特生物景观，而且具有明显的原生性、垂直分带性和分层性特点。
九连山气候资源山上山下地理差异明显。从低海拔（280米）到高海拔（1430米）的不同层次，光、温、水、热等气候条件的匹配不同，从而影响保护区主要林种的垂直分布。主要的自然植被类型有湿地植被、常绿阔叶林、针叶林、竹林、山顶矮林、灌林草丛等。
古树的板状根，是一种特有的生态现象。板状根生长在高温、高湿、阴暗、土层薄的石山地区，为了支撑高大的树体，某些种类的树木茎部，在幼树时期就开始出现板状根。随着时间的推移，根部不断长大，等到树木长成参天大树，板状根也长成了高1~3米、长3~5米的大木片。在地处亚热带的九连山，有如此高大、典型的板状根分布，实为奇观。挺拔的大树配上放射状伸出的板状根，似火箭发射架，为原始森林增添了一道亮丽的风景。