通过与其他分子特异相互作用完成生物学功能

蛋白质发挥生物学功能时，几乎毫无例外地都要通过非共价相互作用高度特异地识别和结合其他分子。每一个细胞内所具有的蛋白质的种类很多，蛋白质总的浓度也很高，这样每一种蛋白在完成功能时必须与其配体高度特异性地结合。每一种蛋白质只能与恰当的配体发生特异相互作用，而不能与环境中存在的其他分子发生相互作用。这里的配体实质与某一种蛋白质分子作用的分子，可以是另外一种蛋白质，也可以是其他小分子或大分子。(https://www.daowen.com)

蛋白质和配体之间相互作用需要空间上和物理上的互补性。从分子水平定义互补性就是相互接触的大量原子之间一一对应地同时形成很多非共价相互作用。这种互补规则可能与蛋白质分子折叠时，其内部原子之间的非共价相互作用类似或相同。比如：所有的原子都紧密地排列着；极性基团之间都通过形成氢键而配对；电荷一般都被相互中和掉等。