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1937年8月,日军进攻上海,吴淞校园被炸成一片废墟。为坚持办学,学校被迫六次迁校,辗转沪、浙、赣、粤、湘、桂、滇、黔、川9省,还曾取道越南,总行程11000公里。在此艰难时刻,学校师生同舟共济,越挫越勇,坚持教书育人,直至抗战胜利后复员上海。1946年4月,同济新学年在上海开学,迅速扩张为拥有医、工、理、法、文5个学院、16个系的综合性大学。