细川晴元与三好长庆的关系
细川晴元和三好长庆水火不容,双方发生冲突是无法避免的,他们都在等待时机下手。三好长庆征伐丹波国时,机会终于到来了。起初,三好长庆娶丹波国波多野植通的妹妹为妻,之后三好长庆与游佐长教结盟,纳游佐长教的女儿为妾,波多野植通对三好长庆的这一做法不满。天文二十一年四月,波多野植通和细川晴元结盟,对抗三好长庆。三好长庆前往丹波国征讨镇守屋上城的波多野植通。当时,在军中的三好长庆的妹夫芥川孙十郎和细川晴元勾结,想要谋反。三好长庆听说此事后大惊,连夜回到摄津国。于是,细川晴元前往丹波国的宇津城,和波多野植通商议入京之事。身在京都的征夷大将军足利义辉支持三好长庆,出兵守住咽喉要道嵯峨,和三好长庆的部队一起在舟冈山与细川晴元的部队激战。细川晴元的部队暂时退到丹波国。

足利义辉
足利义辉和细川晴元发生冲突,而足利义辉的母亲近卫氏厌恶三好长庆,支持细川晴元。近卫氏曾经逼迫儿子足利义辉支持细川晴元。三好长庆对此十分不满。足利义辉如果听从母亲的话,就会断绝与三好长庆的关系,像以前一样与三好长庆对立。足利义辉如果和三好长庆结盟,那么就不得不断绝母子关系。在这种情况下,足利义辉左右为难,只能含糊其词,得过且过。然而,最终足利义辉在臣僚的劝说下决定与细川晴元结盟。于是,细川晴元入京。当时,三好长庆正在摄津国攻打芥川城的芥川孙十郎。听说京都有变后,三好长庆留下部分人马继续攻打芥川城,自己则和畠山政国的儿子畠山高政一起直接入京,与足利义辉和细川晴元作战。足利义辉和细川晴元战败,逃到了近江国朽木谷,只有六角义贤支持足利义辉和细川晴元。三好长庆乘势攻克芥川城,芥川孙十郎投降。三好长庆又派松永久秀和三好政康征讨丹波国的波多野氏,但被波多野氏击败。此时,三好长庆在芥川城拥立细川晴元的儿子细川信良为主君。之后,三好长庆派兵攻克了摄津国的有马、播磨国的明石、三木等地。在京摄地区,已经没有人是三好长庆的对手,三好氏进入了全盛时期。
细川晴元和足利义辉谋划光复京都。永禄元年(1558年)五月,细川晴元和足利义辉在六角义贤的支援下,屯兵坂本。三好长庆听说这个消息后,派松永久秀和三好政康前去抵挡,结果以失败告终。此后,细川晴元和三好长庆的部队在京畿地区作战,胜败难分。然而,后来三好长庆得到了三好康长从阿波国派来的援军,势力大增。六角义贤的部队孤立无援,六角义贤便劝说细川晴元和足利义辉向三好长庆求和。三好长庆担心和足利义辉的和解不会长久,一开始表示拒绝,最终经过与臣下的商议后同意议和。足利义辉回到二条城,细川晴元开始了漂泊的生活,三好长庆回到芥川城,京畿地区暂时平静下来。之后在足利义辉的调停下,永禄四年(1561年)五月,细川晴元到芥川城与三好长庆面谈,三好长庆把细川晴元安置在摄津国富田的普门寺,并厚待细川晴元。最终,细川晴元在这里去世。