溃疡性结肠炎的病理诊断专业性较强，需要高级别的病理医师才可以做出正确的诊断。黏膜活检有助于和其他疾病的鉴别，活检组织里如果见到淋巴细胞、浆细胞、嗜酸性及中性粒细胞等浸润，都代表患者可能正处于活动期，期间可以出现发炎、糜烂、溃疡、隐窝紊乱、隐窝炎、隐窝脓肿、潘氏细胞生化、杯状细胞减少、腺体异常增生、息肉等病理改变，极少数最终发展为癌症。而处于缓解期的患者镜检病理表现多是炎性细胞的浸润，少见或者没有细胞和组织的病理改变。
