EMBASE数据库

二、EMBASE数据库

(一)数据库简介

EMBASE数据库是由Elsevier公司编辑出版的生物医学与药理学文献数据库以及医疗器械数据库。收录的8500 多种生物医学期刊中超过3000 种期刊在Medline数据库上无法检索到,而且覆盖更多的药学内容。自2009 年开始,每年收录有来自7000 个会议的超过295 万条的会议摘要。数据库内文献覆盖各种疾病、药物以及医疗器械信息,尤其涵盖了大量北美洲以外(欧洲和亚洲)的生物医学刊物。2001 年,公司推出了全新的EMBASE网络数据库-EMBASE.com,它将EMBASE与1966 年以来MEDLINE特有的记录相结合,覆盖各种疾病和药物信息,是唯一一个可同步检索EMBASE和MEDLINE的平台,且没有重复记录,数据库每天更新数据超过6000 条。EMBASE.com最大的特点是实现了一次文献和二次文献的集成,用户在检索文摘索引时,可实时获取全文信息。在此以EMBASE.com平台进行介绍。

(二)检索规则

1.支持截词符(*)和通配符(?)

在检索词的末尾加上星号(*)表示检索词的派生检索或完全词检索。如“inflam*”可检出inflamed,inflammation,inflammatory。在检索词的中间或末尾加上问号(?)表示一个可变字符。如“tum?r”可检出tumor,tumour等。

2.支持邻近符(*n)

表示两个检索词之间可间隔数词。例:“acute*3 pancreatitis” 可检出acute pancretitis,acute hemorrhagic pancreatitis等,而且次序固定。

3.支持布尔逻辑运算符(AND,OR,NOT)

4.支持词组检索

需加单(双)引号。如:“‘heart infarction’ ”进行精确词组检索;而“heart infarction”按“heart AND infarction”的规则检索。

(三)检索途径及方法

EMBASE.com提供了快速检索(Quick)、高级检索(Advacned)、PICO检索(PICO)、PVWizard 检索(PVWizard)、药物检索(Drug)、疾病检索(Disease)、文章检索(Article)等检索途径,如图4-5-1 所示。

图示

图4-5-1 EMBASE.com主页及快速检索(Quick Search)界面

1.基本检索方式

(1)快速检索(Quick Search) 在检索框内输入检索词、词组、检索式,通过精确选定检索词,结合布尔逻辑运算符、截词符等控制检索词之间的相关性。同时用户根据检索界面提示的选项(包括人类或动物、语种、优选期刊、文摘项、记录的更新时间等)进行结果限定。其中的“Extensive search”复选框,即提供对检索词进行扩展检索,扩展检索即检索该词在EMTREE中的首选词、该词本身、该词的派生词和下位词。

(2)高级检索(Advanced Search) 为了提高查全率或查准率,高级检索状态提供了5项扩展与限制检索功能,如图4-5-2 所示。包括:

①EMTREE主题词匹配(Map to preferred term in Emtree) 系统将输入的检索词自动转换成EMTREE主题词进行检索,提高查全率。如“bird flu”术语对照EMTREE主题词为“Avian Influenza”。

②关键词检索(Search also as free text in all fields) 以关键词在全部字段中进行检索。

③扩展检索(Explode using narrower Emtree terms) 利用EMTREE主题词树状结构,对检索词相应EMTREE主题词的同位词及下位词进行检索,扩大检索范围。

④主要概念检索(Limit to terms indexed in article asmajor focus) 基于主要EMTREE药物或医学索引主题词字段,对文章的主要或者重点内容进行检索。

⑤术语对照检索(Search as broadly as possible) 既对检索词进行EMTREE主题词匹配检索,同时又作为文本词在全部字段中进行检索。

高级检索除了快速检索状态下提供的基本限定功能外,还提供了更多的限制检索功能。可在文献类型(Publication Types)、专业领域(Areas of Focus)、循证医学(EBM)、语种(Languages)、性别(Gender)、年龄(Age)及动物研究类型(Animal)等进行限制。限定项均有列表供用户选择。例如,限定项“循证医学(EBM)”的可选列表选项包括Cochrane评价(Cochrane Review)、临床对照实验(Controlled Clinical Trial)、Meta分析(Meta Analysis)、随机对照实验(Randomized Controlled Trial)、系统评价(Systematic Review),为临床医生提供了高质量的诊疗依据。

图示

图4-5-2 高级检索(Advanced Search)界面

(3)PICO检索(PICO) PICO检索可以引导科研人员查询循证医学系统评价相关信息,用户可同时在人群(Population)、干预(Intervention)、比较(Comparison)、结果(Outcome)、研究设计(Study design)5 个检索项中进行检索,如图4-5-3 所示。用户可以直接在检索界面左侧浏览并选择Emtree主题词进行检索,同时可以添加5 个相近的同义词。

图示

图4-5-3 PICO检索(PICO)界面

(4)PVWizard 检索(PVWizard) PVWizard 检索是用于检索个例药品不良反应的数据检索工具,实现药物不良反应100%召回。用户可同时在药物名称(Drug name)、替代药物名称(Alternative drug names)、药物不良反应(Adverse drug reactions)、特殊情况(Special situations)和用户群体(Human limits)5 个字段中进行检索,如图4-5-4 所示。

图示

图4-5-4 PVWizard 检索(PVWizard)界面

(5)药物检索(Drug Search) 可通过化学名称、商品名称和制造商名称进行检索。EMBASE中还囊括了生物技术、药学和医学仪器设备方面的文献。同时提供19 个核心的药物副主题词(Drug subheadings)和47 个给药途径关联词(Routes of Drug Administration),以增强索引的深度,能够对主题词起到限制和修饰作用,提高检索的精确性,如图4-5-5所示。例如检索“抗蠕虫药阿苯达唑(albendazole)药物分析及应用剂量”方面的文献,可在药物名称框中输入“albendazole”,然后选择药物副主题词“Drug analysis”与“Drug dose”,点击Search 即可。

图示

图4-5-5 药物检索(Drug Search)界面

药物副主题词(Drug subheadings):

Adverse drug reaction 药物副作用

Drug administration 投药方式

Drug combination 药物配伍

Drug concentration 药物浓度

Drug dose 药物剂量

Drug therapy 药物治疗

Endogenous compound 内源性物质

Pharmacoeconomics 药物经济学

Unexpected outcome of drug treatment 药物治疗意外

Special situation for pharmacovigilance 药物安全特殊情况

Clinical trial 临床试验

Drug analysis 药物分析

Drug comparison 药物对照

Drug development 药物开发

Drug interaction 药物相互作用(https://www.daowen.com)

Drug toxicity 药物毒性

Pharmaceutics 药剂学

Pharmacokinetics 药代动力学

Pharmacology 药理学

药物给药途径关联词(Routes)举例如下:

Buccal drug administration 颊部给药

Epidural drug administration 硬膜外给药

Inhalational drug administration 吸入给药

Intraarterial drug administration 动脉内给药

(6)疾病检索(Disease) 通过疾病名称查找文献是该数据库独有的特征之一。可通过是否选自主要期刊以及文献的研究重点(人类或动物、成人或儿童、性别)等进行限制检索,同时提供14 个疾病副主题词(Disease subheadings),帮助用户更精确地检索疾病的某一类或几类分支的相关文献,提高相关性,如疾病并发症、诊断、病因、不良反应、治疗等。相当于MeSH中的主题词与副主题词的组配,其作用是缩小文献范围,提高查准率。例如检索“预防自杀”的文献,可在疾病名称框中输入“Suicide”,然后选择疾病副主题词“Prevention”,最后点击Search;再如,查有关白内障手术的文献,在疾病名称框中输入“cataract”,然后选择疾病链接词“surgery”即可。

疾病关联词(Disease subheadings):

Complication 并发症

Diagnosis 诊断

Drug resistance 药物拮抗

Epidemiology 流行病学

Prevention 预防

Rehabilitation 康复

Surgery 手术疗法

Congenital disorder 先天性疾病

Diseasemanagement 疾病处理

Drug therapy 药物治疗

Etiology 病因学

Radiotherapy 放射疗法

Side effect 副作用

Therapy 治疗

(7)文章检索(Article) 已知线索可通过文章进行检索,检索字段包括作者(Author Name)、期刊名称(Journal Title)及其缩写、ISSN号、卷码、期号及文章首页码等。

2.主题词表检索

EMBASE的独立主题词表系统为EMTREE,EMTREE是一套上下位词呈树状结构且互相有参照的字顺索引的规范化词表。词表中的主题词是从题目、文摘或全文中抽取的若干词或词组,经过适当规范化处理,但词表规范化程度不如MESH高。EMTREE的主题词数量是Medline词表的2.7 倍,并全部覆盖之,囊括药物、疾病和医疗器械等词语。EMTREE由48 000 多个受控叙词(也可以称为优先词)组成等级体系,共14 个大类,如图4-5-6 所示。等级体系从一般到专指,层层划分。如用户输入检索术语“Panadol”,系统显示其优先词为“Paracetamol”,同时显示相关记录、道兰氏(Dorland’s)医学词典中的定义、该术语在树状结构中的位置及其同义词。点击“Get Records”获取检索结果,如图4-5-7 所示。EMTREE还包含了近20 万个同义词,是用户可在EMBASE和MEDLINE间同时使用的辞典,优化学科检索的相关性和精确性,特别是在疾病与药理学方面。在2019年9 月,Emtree新增6000 个中医药词表,包括:精气学说、阴阳学说、五行学说、精神气血津液、五脏六腑、经络、形体和官窍、身体构造、病因、病机、内科、外科、儿科、眼科、耳鼻喉、正骨、针灸、艾灸、拔罐、中医经典等。

EMTREE的特点:①自然语序,而不用倒置,例如acute granulocytic leukemia(不用leukemia,acute granulocytic);②采用单个名词形式而不用复数形式,例如stomach tumor(不用gastric tumors);③采用美式英语拼写法,例如fetus(不用fetous);④几乎不用缩写,除非常用缩写,例如nuclearmagnetic resonance(不用NMR);⑤放射性同位素在词尾上表示,例如carbon 14;⑥希腊字母全部拼写,例如alpha adrenergic receptor;⑦不用“-”“”“,”等标点符号,除非化学名称中的分隔符,例如Down Syndrome(中间不用连字符);4 ethyl 2,5 dimethoxyamphetamine;⑧可以检索非常专业的术语,例如acute lymphocytic leukemia。

图示

图4-5-6 主题词表系统(EMTREE)的14 个大类

图示

图4-5-7 主题词树状结构示例

3.期刊检索

收录的期刊可以按照名称进行浏览。层层点击期刊名称,可以查看期刊被收录的具体卷、期情况和相应的文章。

4.作者检索

可根据作者的姓名找到相应的记录。EMBASE也采用了“姓的全称在前、名的缩写在后”的著录规则。如:Elbadry K;Smith JA。

(四)检索结果处理

1.检索结果打印、存盘和E-mail

获得文献的检索结果可根据相关性和出版年进行结果排序,如图4-5-8 所示。检索结果可选用不同的格式,包括简短记录、详细记录或全文。每条记录均包括题名、作者、刊名、出处、全文链接标识等信息,点击每条记录序号前的复选框可标记文献,并选定下载方式,包括打印、存盘、删除和E-mail。

2.检索史保存与二次检索

提供检索史保存功能,可将保存的检索策略作为电子邮件发送以跟踪获得最新文献,还提供检索史之间的二次检索。

图示

图4-5-8 检索结果示例

3.检索结果分析

点击检索结果左侧(Results Filters)图标进行数据分析,可显示来源(Sources)、药物(Drugs)、疾病(Diseases)、设备(Devices)、浮动副主题词(Floating Subheadings)、年龄(Age)、性别(Gender)、研究类型(Study types)、出版物类型(Publication types)、杂志名称(Journal titles)、出版年(Publication years)、作者(Authors)、会议摘要(Conference abstracts)、药品通用名称(Drug trade names)、药品生产企业(Drugmanufacturers)、设备通用名称(Device trade names)、设备制造商(Devicemanufacturers)条件下出版物的数量,如图4-5-9 所示。

图示

图4-5-9 检索结果的数据分析

(戎文慧 张昱)