任何事物不是十全十美的，巡航导弹也一样。由于巡航导弹飞行时间长，飞行速度和高度都低，所以一旦被发现，就容易被敌人的低空火力拦截。海湾战争中，有3枚“战斧”式巡航导弹就是这样被伊拉克的高射炮击毁的。另外，巡航导弹的导航系统容易受到干扰。伊拉克战争中，美军的巡航导弹装备的GPS（全球定位系统）多次受到干扰，导致了误伤事故。
