黄鳝的体内无鳔，在水中完成前进运动与上浮、下沉的动作，完全是依靠体壁肌肉的收缩活动，先是弯曲身体推动水流，然后再借助水流的反作用来推进身体。肌肉系统包括躯干部和尾部的中轴肌及头部的肌肉。由于黄鳝的偶鳍已退化，所以它没有附肢肌。中轴肌很厚实，由水平肌间隔分作轴上肌和轴下肌，没有纵行的上棱肌和下棱肌。眼肌退化，仅为薄片小肌。在头部背面和侧面的浅肌中最大的是下颌收肌，可分作头部分肌和下颌分肌两部分。各鳃弓间及背、腹面还有小束肌肉。
