黄鳝的排泄系统由肾脏、膀胱组成。黄鳝的肾脏细长，暗红色长带状，分为头肾、中肾，呈“丫”形，前部分左右两肾叶，后部连合位于体腔的背壁、脊柱腹面的两旁，大致是自肝脏前端起，一直伸展到躯干部的末端。每个肾小体及其所连的肾小管组成一个肾单位，即肾脏排泄的功能单位。肾脏左腹侧的管囊结构，呈乳白色，连接一根较粗并伸向前方的管囊状膀胱。输尿管向后通入肛门后方的生殖孔。
