以高浓度的药剂直接涂抹鱼体患病处,以杀灭病原体。主要治疗鳝鱼外伤及鱼体表面的疾病,涂抹法适用于检查亲鱼及亲鱼经人工繁殖后下池前,在人工繁殖时,如果不小心在采卵时弄伤了亲鱼的生殖孔,就用涂抹法处理。常用药有红药水、碘酒、高锰酸钾等。涂抹前必须先将患处清理干净。
涂抹法优点是药量少、安全、副作用小。缺点是需要对每尾鳝鱼进行操作,既麻烦,又容易伤害鳝体。