制度不改，问题严重
当然，绿营兵改造和整顿过程中也出现不少问题，这些问题与当时陆军改造的不彻底性和制度没有改革具有极大的关系，正所谓“练兵久而弊端集，则练兵亦绿营也”[172]。
（1）革除绿营中分汛的办法并没有得到根本上的解决。
当时有不少人建议，要革除分汛的毛病。这本身是一种好的建议，因为绿营分汛制度确实使绿营失去了军队的战斗力。如果能让绿营免除塘汛分防的差使，回到集中操练，就可以增强军队的战斗力。
1864年9月，李鸿章首先提出了要彻底改革绿营的意见，他说：“兵制关立国之根基，驭夷之枢纽，今昔情势不同，岂可狃于祖宗之成法？必须尽裁疲弱，厚给粮饷。废弃弓箭，专精火器。革去分汛，化散为整。选用能将，勤操苦练，然后绿营可恃。”[173]这里提到的一些改革意见都是很好的。在后来练军中，基本做到了革去分汛的毛病，但在没有进行改革和训练的绿营中，却没有对革去分汛进行更改。
（2）绿营制度并没有得到根本上的改变。
对绿营兵进行完全的改制，并非一件易事，对于清政府而言，最高决策者是如此守旧，它不可能完全将绿营废弃。当时很多人都谈到这个问题，这其实关系到制度的根本，从原则上说进行制度改革才是最完美的方法。李鸿章对此多次提出很好的建议，但清政府顽固势力太多，守旧人士总不愿意进行改革，结果总是无益于中国的发展。
（3）用勇营制度来改造绿营是否能够彻底改造绿营存在很大的疑惑。
当时很多人都主张用勇营制度来部分改造绿营，或者用绿营制度来改造绿营，这样就可以改造绿营了，让绿营强大起来。因此，当时各省对绿营的改造过程中，十分有效的一个办法就是用湘淮军制度来建立“练军”，进行训练。当时很多人都认为，这种办法是一种有效的改造绿营的法子。
这种法子原出于清政府大臣为策划京畿安全而设，所以才得以推行，也推行得最早。1863年，清政府先召江苏巡抚薛焕进京，再调两广总督刘长佑任直隶总督，从事练兵事宜。因为当时在改造绿营的过程中，可以借鉴的最好方法就是湘淮军制度了，外国的军事制度尚不足以对清政府形成可以采用的楷模。在这种情况下，直隶练军首先参用湘淮军制，取得成功。各省又相继学习直隶的办法，以湘淮军制建立自己的“练军”，并以之为楷模改造绿营。
其实，当时中国大部分省份已在请洋人当教练来练兵，但是请洋人练兵的时间却并不能持久，但这种方法已表明中国军事改革的一种趋势。
当时，沿海各通商口岸的洋人帮中国练兵，大致在1866年以后，就渐渐地停止了。为何这样呢？是因为清政府对洋人防范太深，加上外国公使领事不断地向中国政府提出各种建议，引起清朝满汉大臣的怀疑和担心，所以清政府一时中断了请洋人练兵的举措。
总的来说，洋务运动初期，各省的练军建设并没有取得很好的成效，不管是练习洋枪还是阵法，大都是如此。以当时比较好的江苏省来看，江苏省练军，因为“各队排演鸟枪，并无教习，不成阵队”[174]，曾经奏请奉天教习，由天津调拨洋枪、洋炮，以便汰弱留强，实力训练。可见在初期，练军的成效确实不大。
对于这期间中国的练兵情况，清政府十分关心它的成效和作用。1878年，奕
专门就全国练兵事宜询问了张树声。其具体谈话内容如下：
问：尔看各省所练绿营兵何如？
奏：臣服官南北各省，见直隶练兵较为齐整，余省限于经费，所练有限。
问：练兵、养勇，二者孰为妥善？(https://www.daowen.com)
奏：以国家经制而论，练兵自为久远之计。臣见各省藩库所入，地丁正项拨充军饷者居其大半，一旦有事，仍须募勇，是国家积年千百万帑金全耗于无用之地。且兵有尺籍伍符，钤束较易，勇则各省所募，土客不分，章程不一，防制稍疏，易滋哗溃，是为久远计，养勇不如练兵之善。——国初所立营汛，多因前明旧制，往往零星散布，不似各省驻防旗营聚集一处。兵力以聚而厚，以散而薄。——承平日久，绿营习气日深，加以口粮本不甚优，又复逐层扣折，俯仰事蓄，不足自给，于是安分者挂名军贴，尚以小贸营生，不安分者，则专以包揽娼妓、窝庇烟赌为事；一经有警，率之赴敌，无不闻风逃溃。——今海内虽定，库款尚虚，户部通盘打算，每年进款只有此数，兵饷、勇费势难兼筹，于是奏请饬裁各省勇丁，原属量入为出之计。假令尽去久征熟练之勇，而用万不可靠之兵，深恐事变之来，无法支柱，所费更巨。勇之难撤，职由此故。惟一二十年后，宿将、老勇渐次更换，勇之不习战事，亦恐与兵相等，则练兵与裁勇二者将来须逐渐办理，以次乘除，方免别滋流弊。大约用勇之弊，患在章程乱而纪律废弛；用兵之弊，患在官气深而情意隔阂。诚欲整顿绿营积习，首在遴选明正耐劳不染官气的将领，尤须省其文法，以归简易；并其散碎，以归整齐，所有零星汛地，寻常缉捕及充当杂差，似可仿照古人州军之制，概归府州县统辖，而要害重地，慎选将备，设立整营，兵少之处，酌给津贴以恤兵，兵多之处，裁减兵额以加饷，由各省酌度情形，各别办理。总期去花法，求实用，贵精不贵多。并须如近日湘淮勇营制，厚其廪饩，勤其操练，垒濠必亲自修浚，枪炮必精益求精，庶可备预不虞，为国家长治久安之策。[175]
从上述谈话中可以知道，练兵逐渐成为晚清时期政府的久远之计。练兵和裁勇，是晚清军事变革中必须同步进行的重要内容。
1882年，左宗棠对江苏营伍进行了视察[176]。总计江南水陆各营，查阅一周。左宗棠认为，江南各标营制兵未尽复额，其散处塘汛者，零星分布，与江北各营情形相同。但各将领久经征战，阅历已深，平进督率校练，极意求精，伍籍中又多旧时从征部曲，以故所演阵式，步伐行列大段可观，枪炮进退、连环绵密无间。水师弁丁取材外洋，内海不乏其选，提臣李朝斌加意讲求，所统澄庆、靖远、登瀛洲、驭远各轮船，蚊子船及艇船，试演大炮打靶，致远命中，还比较出色。沿途阅视各处炮台，均尚扼要合式，内如图山、焦山、象山，系新授淮扬镇总兵章合才所建，地势高下，极为合宜，足资控扼。吴淞口炮台，足壮形势，守台兵勇，均整齐足数，缓急可恃。华洋共赞之上海，为商旅辐辏之区，繁盛如故，调任九江镇总兵朱淮森赴任，所遣练兵五营，由记名提督易致中、记名总兵粟龙山分统其众。统领新湘三营，由副将刘端冕接带，均驻金陵城外，分守炮台，可期得力[177]。
从左宗棠所查阅的情况来看，对于没有整顿的绿营塘汛兵来说，基本情况依旧，没有发生什么变化，但对于进行改造和训练的绿营兵来说，是有一定成效的。
另外，从个别省份操防营兵丁滋事这件事来看，也在另一方面说明制兵的改造和管理确实存在一些弊端。
1882年8月28日，湖北抚标右营把总杨得魁，因父病危急，便衣前往营务处候补道程春藻所开的同利昌钱铺店换银，钱铺压价，互相喧急，正好江夏县知县蔡炳荣路过查问，不管三七二十一，当街喝令笞责，引起杨得魁的强烈不满。这个把总回营后，羞辱不说，告众兵，一城尽知。合营都为愤愤。抚标中军参将焦克胜、右营游击周礼并城守营参将樊国泰，出为调停。该把总自觉惭愧，主求撤差，而众兵则请留。督标中军副将夙昌，系该营统领，明知众兵不平，既不善于教导，又不以蔡令任私擅打把总之事代达督抚，以求持平办理。
9月4日，该县令出门访客，路由阅马场，时值乡试，武生云集，借场跑马。该县令曾经因案惯责武生，诸多怨恨。众武生对于这个县令借鸣不平，众口沸腾。差役劝他绕道省事，该县令恃气直经该场，见有在道旁责骂者，饬差拘拿，遂被瓦石击伤。该县令被殴打之后，日积怨于武生，但禀报是操防营兵滋事。督抚对于启衅的原因不能周知，结果就把该把总杨得魁发交武昌府管押，令焦克胜交出滋事之人，当时兵民考生乌合之众，无从查出。几天后，焦克胜撤任，所有该管操防的哨官四员全行更换。但蔡县令却没有撤任。
焦克胜廉勇朴直，约束兵丁，恩威并用，他的被撤，引发兵丁的强烈不平，业已动摇。经武昌府知府严防将该把总转交城守管参将樊泰管押。蔡炳荣总不撤任，仍令兼署抚标中军参将璞玉交人。璞玉交出四人，以推卸责任。18日夜二更，外间忽喧传总督欲将此四人委亲兵正法。谣言一出，合城哗然。该营兵丁一起到统领夙昌衙署为四人鸣冤，求城守衙门将四人放出。并要求把把总杨得魁放出同行。在籍绅士劝谕众兵才渐次归伍。后来该兵又发生一些滋事[178]。
练兵的成效如何？直到1888年，各省营制的册籍仍未造齐，可以知道当时各省对于营制管理的滞后。清政府不得不下谕令要各省造齐，说是当时兵部纂修各省营制册籍的会典，专待各省营制送齐，方可纂辑。谕令所有尚未造报的河南、湖北、福建、台湾、浙江、广东、云南、甘肃、新疆等省，以尚未造齐的陕西、广西、贵州等省，着各该督抚饬令依限造送。至于满营营制额缺并巡捕营营制册籍，着该将军等查照该单及前行款式，分别核造，送部核办[179]。
洋务运动期间中国军队的改造和整顿，其成效不大也与当时中国的政治制度及兵制的落后有直接的关系。
晚清时期，中国兵制向由疆吏管辖，他们具有统属文武之权，在立法之始，以为最妙，殊不知其弊最深，会造成严重的后果。他们不但节制军务，就是一切军械、粮饷给发，莫不唯命是从。提镇诸员就算是英雄俊杰，也不能行一事实，他们的资格受到了限制。在中国很讲究资格二字，这是千古不通之论，所谓豪杰之士如果没资格也不能成事。
中国军队的军事制度，在不少方面是想改都难得改动，这是有原因的。外国常备之兵不能随意离营半步，中国的士兵长期以来一直存有虚额的现象，如士兵多有名册在营，但是本身居乡，或者经营其他生意外出的，营官点名无一不循行故事，点者自点，替者自替，上下会意，一若神交，成为习惯。平时绿营每营兵额例虽五百，然真数实不过二百五十人，其余半额之饷则尽入私囊，以致军队战力之退步。所以每当大阅之时，临期不得不勉强牵补，暂足其额，以掩阅者的耳目。不知者将谓雄师当道，而不知实则兵、农、工商、乞丐、偷儿以至无赖游民混而为一。所以外国人曾说，此等兵不如没有更好。
近代著名的军事家曾国藩有鉴于此种弊端，曾经创制练军的方法，就是想挽救它。但是这种弊病还是不能去掉。加上练军所用的武器并没有从根本上加以变革，有的兵士所携带的武器依然还是落后的竹矛、木棍、铁叉、藤牌等，直同儿戏。两军对垒，枪林弹雨，首要的是以矫健敏捷为主，但是兵士的服装并不统一，而是披阔袖郎当的号褂，拖摇风扫腾的战裙，形象极差。大概不是这样则不足以便其揖让，不足以表其雍容。
至于所谓最新的洋枪队，武器方面也不是最先进的，基本上是以外国弃而不用的落后旧铳来代之，加以终年委置状下，极少有磨刷的时候，以致铁锈斑斑，古色陆离，不亚于秦铜汉鼎，这些士兵平日里对于枪弹子药绝不考究，轻心临用，则大小错乱，随意颠倒，在这样的情况下，他们还自吹说，“以此御敌何敌不催，以此攻城何城不克”[180]。
军政不能统一，权力过于分散，是当时中国军事制度改革困难的重要原因。以当时中国的海军兵制而论，尤属奇闻。在外国先进的海军建设中，一般都设有海部大臣以专司添置制造船舰之权，别的部门不能过问。而中国海军衙门大臣有督办、会办、帮办之分，“欲行一事，互相掣肘，互相推诿，又复大小支销，均乞求于户部，而犹且多方以阻驳，必使一事不能举而后快”。到用兵之日，外国规制，所有该国的兵舰均归海军提督一人节制，任其早晚调度，各路灵通。而中国则有北洋、南洋，江、浙、闽、粤各海军之分，各归该省督抚节制。每天的训练也都不同，每当存亡危急之秋，海军提督无调度各省兵舰之权，即有血书告急，则借口该舰留守本境，万难分遣，“外国兵舰在华如入无人之境，是于存亡置之不问”[181]。
总而言之，种种迹象表明，洋务运动时期对中国军队所谓的改造和变革，其成效还是值得怀疑的，至少不能让人感到一丝满意。