忍辱负重，发愤著述

天汉二年（公元前99年），他的同僚李陵出征匈奴时被围，在矢尽粮绝的情况下投降匈奴。消息传到长安，武帝大怒。朝廷的文武百官，都大骂李陵投降可耻。司马迁不作声。武帝问他有什么意见，书生气十足的司马迁直言不讳地说：“李陵转战千里，矢尽道穷，古代名将也不过如此。他虽投降，尚属情有可原。臣以为只要他不死，他还是会效忠汉朝的。”盛怒中的汉武帝听了司马迁这番话，认为他是为李陵辩解，是在故意贬低当时正在打匈奴而又很不顺利的李广利，于是命令把司马迁判为死罪（或以腐刑代替）。汉武帝时代，判了死罪的可以出钱五十万减死一等。但家境并不富裕的司马迁拿不出这一笔钱，只能受“腐刑”（宫刑）来选择“偷生”这条路。不幸的遭遇，使司马迁精神受到极大刺激，曾一度想自杀，但他想起了父亲的遗言，又以古人孔子、屈原、左丘明、孙子、韩非等在逆境中发愤有为鼓励自己，终于以惊人的意志忍辱负重地活了下来。身心备受摧残、忍辱含垢生活的司马迁深知，“人固有一死，死有重于泰山，或轻于鸿毛”。他决心以残烛之年，完成父亲要他完成的史书。经过六年的囚禁生活，征和元年（公元前93年）终于出狱。武帝对司马迁的才能还是爱惜的，任命他为中书令。从此他埋首奋发著述，终于完成了“究天人之际，通古今之变，成一家之言”的巨著──«史记»。

«史记»，原名«太史公书»，又称«太史公记»、«太史记»，至东汉末年才被称为«史记»。司马迁意在使其“藏之名山，副在京师，俟后世圣人君子”。汉宣帝时，司马迁外孙杨恽把它公之于世。其时已有少量缺篇，为后人褚少孙等补足。