然而，«三国志»也有其不足之处，不可不注意。在叙事时，除了在某些人的纪和传中有矛盾之处外，其最大的缺点，就是对曹魏和司马氏多有回护和溢美之词，受到了历代史学家的批评。另外，全书只有纪和传，而无志和表，这是一大缺陷。
«三国志»成书之后，由于叙事过于简要，到了南朝宋文帝时，著名史学家裴松之便为其作注，又增补了大量材料。
