外源基因的表达效率

①启动子的强弱。有效的转录起始是外源基因能否在宿主细胞中高效表达的关键步骤之一，也可以说，转录起始的速率是基因表达的主要限速步骤。因此，选择强的可调控启动子及相关的调控序列，是组建一个高效表达载体首先要考虑的问题。

最理想的可调控启动子应该是：在发酵的早期阶段表达载体的启动子被紧紧地阻遏，这样可以避免出现表达载体不稳定，细胞生长缓慢或由于产物表达而引起细胞死亡等问题。当细胞数目达到一定的密度，通过多种诱导（如温度、药物等）使阻遏物失活，RNA聚合酶快速起始转录。

②核糖体结合位点的有效性。SD序列是指原核细胞mRNA 5′端非翻译区同16S rRNA 3′端的互补序列。按统计学的原则，一般SD序列至少含AGGAGG序列中的4个碱基。SD序列的存在对原核细胞mRNA翻译起始至关重要。

③SD序列和起始密码子AUG的间距。AUG是首选的起始密码子，GUG、UUG、AUU和AUA有时也用作起始密码子，但非最佳选择。另外，SD序列与起始密码子之间的距离以9±3为宜。

④密码子组成。尽量避免使用罕用密码子，如AGG、AGA（Arg）、CUA（Leu）等。