厌氧生物处理的缺点

（1）由于厌氧微生物增殖缓慢，故系统启动时间较长。

（2）往往只能作为预处理工艺来使用，厌氧出水还需要进一步处理。厌氧方法虽然负荷高、去除有机物的绝对量与进液浓度高，但其出水COD浓度高于好氧处理，仍需要后处理才能达到较高的处理要求。(https://www.daowen.com)

（3）对温度的变化比较敏感，低温下动力学速率低，温度的波动对去除效果影响很大。

（4）对负荷的变化也较敏感，尤其对可能存在的毒性物质，运行中需特别小心，如氯化的脂肪族化合物对甲烷菌的毒性比好氧异养菌大。