中央与江西共建、以江西管理为主

1999年1月，国务院印发《关于调整五个军工总公司所属学校管理体制的决定》，对中国航空工业总公司等5个军工总公司所属的25所普通高等学校、34所成人高等学校、98所中等专业学校、232所技工学校的管理体制进行调整。为贯彻落实国务院此决定，同年2月，教育部等部委下发《关于调整五个军工总公司所属学校管理体制的实施意见》，明确指出：南昌航空工业学院实行中央与地方共建、以地方管理为主的管理体制。同年3月16日，国务院办公厅转发《教育部等部门关于调整五个军工总公司所属学校管理体制实施意见的通知》，决定学校隶属关系转变为中央和江西省共建、以江西省管理为主。同时明确工作进度，要求1999年3月启动并全面展开，4月基本完成并开始按新的管理体制运转。学校党委把管理体制改革作为1999年的一项重要工作，教育全体教职工提高认识，更好地为地方的经济建设和社会发展服务，确保改革的平稳进行。中共江西省委、江西省人民政府对学校管理体制改革极为重视，省委常委、宣传部部长张克迅代表省委来校视察、指导。2000年春节，省长舒圣佑、副省长胡振鹏、省政协副主席黄定元及省政府办公厅、省教委领导来校视察，向全体师生员工表示亲切的问候。

学校管理体制发生转变以后，不仅得到了江西省人民政府的高度重视，还得到中国航空工业第一、第二集团公司的热情关怀、关心和支持。1999年8月，中国航空工业第二集团公司与学校在北京签订科技合作协议。

为落实国务院《关于调整五个军工总公司所属学校管理体制的决定》精神，江西省人民政府和国防科工委决定共同建设南昌航空工业学院。2002年4月19日，江西省人民政府与国防科学技术工业委员会共建南昌航空工业学院签字仪式在南昌市滨江宾馆隆重举行。中共中央候补委员、国防科工委党组副书记、副主任张华祝，江西省副省长胡振鹏等领导出席签字仪式，并分别代表双方在共建协议书上签字。签字仪式由省政府副秘书长郑克强主持。出席签字仪式的还有国防科工委人事教育司司长屠森林，省委教育工委副书记、省教育厅厅长漆权，省委教育工委副书记史蓉蓉，中国航空工业第二集团公司副总经理宋金刚，中国航空工业第一、第二集团公司有关部门负责同志，以及省内兄弟院校和航空企事业单位的领导。(https://www.daowen.com)

协议书明确：江西省人民政府同意南昌航空工业学院面向全国招生；同意南昌航空工业学院把国防（航空）系统作为重要服务对象，学校的毕业生在国防科技工业系统就业视同于在本地区就业，允许学校为国防系统定向培养学生；重视南昌航空工业学院的国防特色学科、专业建设与发展；对南昌航空工业学院领导班子中正职和分管国防特色学科专业建设、教学管理的副职的任免征求国防科学技术工业委员会的意见。国防科学技术工业委员会对南昌航空工业学院继续给予关心、支持，对南昌航空工业学院具有国防特色的学科、专业的建设和发展提供指导；支持南昌航空工业学院在人才培养、科学研究等方面巩固并不断加强与军工集团公司、军队的联系和合作，帮助安排南昌航空工业学院为国防系统定向培养学生的有关工作；支持南昌航空工业学院师资队伍的建设，南昌航空工业学院可以通过国防科工委申请公派出国留学，享受有关政策优惠。国防科工委所属7所学校毕业生到南昌航空工业学院就业，国防科工委按在国防科技工业系统内就业的方式给予指导。

江西省人民政府和国防科工委共建南昌航空工业学院协议书的签署，使中央和地方共建的管理体制得到进一步的落实，标志着学校的发展进入一个新的历史阶段。