内部组织机构设置和调整
1999年以后，学校进入跨越发展时期，内部管理机构调整比较频繁。1999年3月16日，成立测试技术与控制工程系；成立研究生处，与教务处合署办公；成立对外联络部，与产业管理处合署办公；财务处更名为计划财务处。
1999年3月20日，航空工业总公司批复，同意学校成立高等职业技术学院。5月20日，高等职业技术学院正式成立。
2000年2月28日，科研处更名为科学技术处；中澳培训中心并入高等职业技术学院。3月29日，撤销校园管理处，成立校园建设处。4月6日，成立物业管理中心，原能源站、宿教中心、行政总务办公室和房产维修等单位由物业中心管理。7月7日，原高教研究室改为高教研究所，由科技处代管的“三刊编辑室”改由高教研究所管理。
2001年2月，单独设置党委统战部。4月18日，单独设立研究生部（处），研究生处不再与教务处合署办公；撤销产业管理处，设立资产管理处；撤销校园建设处，设立后勤管理处；党办、院办、外办合署办公。 7月9日，对部分系部设置进行调整，撤销应用工程系，组建信息与计算科学系和土木建筑工程系。9月14日，社会科学（经济管理）系分设为社会科学系（艺术系）和经济管理系。
2002年9月6日，成立工程训练中心，原计算机系的计算机中心、各系专业机房、电子系电子厂、赣江厂的技术教育中心、机械系的数控及特种加工等单位的人员编制和资产并入工程训练中心；单独设立艺术系，不再挂靠社科系。9月20日，学校决定成立新区建设指挥部，下设办公室；成立规划办公室，与高教研究所合署办公。11月5日，成立招生就业指导中心。(https://www.daowen.com)
2003年9月18日，成立学科建设办公室，与研究生处合署办公。9月24日，将附属学校和医院由科级单位调整为副处级单位。
2004年5月8日，组建海军学院，成立军事教研部，与武装部合署办公；成立体育系，原体育教研室划归体育系；国际合作与交流中心更名为国际教育学院，与外事办公室合署办公；社会科学系更名为政法系，与“两课”教学研究部合署办公；成立新闻与传播学系，与现代教育技术中心合署办公。6月29日，独立设置高等职业技术学院，不再与科技学院合署办公，工程训练中心、江西赣江机械厂与高等职业技术学院合署办公。7月2日，成立材料科学与工程学院和艺术与设计学院。10月27日，成立软件学院。10月31日，成立综合治理办公室，与保卫处合署办公。
2005年3月2日，成立新闻中心，与宣传部合署办公。3月23日，成立国家助学贷款管理办公室，隶属于学工处。10月21日，成立档案馆，人事档案划归档案馆。10月24日，成立教学评估中心，隶属于教务处。10月27日，独立设置学报编辑部。《南昌航空工业学院报（自然科学版）》《南昌航空工业学院学报（社会科学版）》和《失效分析与预防》三刊合为一个编辑部。11月1日，资产处更名为实验室建设与设备管理处，原属教务处的实验室建设、管理、实验人员队伍建设等职责划归实验室建设与设备管理处。11月10日，成立上海路校区管理委员会办公室，代表学校协调和处理上海路校区的日常管理工作。12月14日，成立计算机科学与技术学院，撤销计算机系；软件学院和计算机科学与技术学院合署办公。12月22日，规划办公室更名为发展规划处，与高教研究所合署办公。
2006年3月，学校坚持“规模原则、学科相近原则、加强管理学科与文科原则、重视理学原则、突出航空特色原则”对原有的教学资源、机构进行了进一步整合、调整。调整后学校设有12个专业学院（材料科学与工程学院、环境与化学工程学院、航空与机械工程学院、电子信息工程学院、外国语学院、计算机学院、数学与信息科学学院、自动化学院、经济管理学院、土木与建筑工程学院、艺术与设计学院、文法学院）、1个部（思想政治理论课教育教学研究部）、1个系（体育系）、5个管理性学院（海军学院、国际教育学院、高等职业技术学院、成人教育学院、科技学院）。
2009年6月，为了进一步强化工科优势、突出航空特色，合理配置资源，在认真调研论证的基础上，学校党委研究决定，对部分工科学院进行全面调整重组。6月22日下发的《南昌航空大学学院整合方案》规定，在原材料科学与工程学院的金属材料工程、高分子材料与工程专业基础上组建新的材料科学与工程学院；原材料科学与工程学院的材料成型及控制工程、焊接技术与工程专业与原航空与机械工程学院的飞行器制造工程、机械设计制造及其自动化专业整合，组建新的航空制造工程学院；飞行器设计与工程、飞行器动力工程等2个航空航天类专业，以及航空维修工程方向与土木建筑学院的力学教研部（力学实验中心、力学研究室）组建新的飞行器工程学院；原电子信息工程学院与原计算机学院、原自动化学院的自动化专业、电工电子技术教研部（电工电子实验中心）组建新的信息工程学院；软件学院从计算机科学与技术学院独立；原自动化学院的测控技术与仪器、生物医学工程、电子科学与技术、应用物理学专业与无损检测技术教育部重点实验室组建新的测试与光电工程学院；原航空与机械工程学院的工业工程专业调整至经济管理学院。8月28至30日，新组建的材料科学与工程学院、航空制造工程学院、信息工程学院、飞行器工程学院、测试与光电工程学院、软件学院等6个学院分别召开全体教职工大会，以崭新的面貌迎接新学年的到来。