成立科技学院
2001年8月1日，省教育厅、省发展计划委员会批复，同意学校举办“三独立”（校区独立、管理独立、财务独立）二级学院。2002年2月7日，省教育厅、省发展计划委员会批准南昌航空工业学院赣航学院更名为南昌航空工业学院科技学院。2003年12月23日，教育部发文，确认省普通高校举办独立学院的单位，南昌航院科技学院被确认为独立学院。次年1月8日，省教育厅转发教育部对江西高校举办独立学院予以确认的通知。2005年4月19日至20日，江西省教育厅组织专家对科技学院的办学条件进行核查，认为各项指标达到教育部“普通高等学校基本办学条件”的合格标准。
科技学院是根据江西省社会经济文化发展需求，由南昌航空工业学院投资，经江西省人民政府首批批准设立的“三独立”的二级本科学院。科技学院的招生工作纳入全日制普通高校招生计划，学生从全国普通高考上线的考生中录取。录取的学生完成规定的学业，颁发教育部规定的大学毕业证书和学士学位证书。科技学院根据国家教育行政主管部门的要求，采用市场机制运作。学生在校期间必须承担全部培养费用，科技学院严格按江西省物价局核定的收费标准收费。2004年6月9日，江西省事业单位登记管理局向南昌航空工业学院科技学院颁发“中华人民共和国事业单位法人证书”。2007年3月，南昌航空工业学院科技学院更名为“南昌航空大学科技学院”。
2001年首批招生345人，共分为材料成形工艺与设计、计算机科学与技术、电子信息工程、自动化、机械设计、英语、艺术设计等7个专业，学制4年，学历层次为大学本科。2002年新增专业3个，2003年新增专业6个，2004年新增专业5个，2006年新增专业3个，2008年新增专业1个，2010年新增专业1个。至2010年，学校下设航空与机械工程系、信息工程系、经济与管理系、人文社科系、材料工程系、建筑工程系、基础课部及思政部等8个系部，在校本科生达6516人。（四）与海军联合培养国防生
为加速军队高素质干部队伍建设，中国人民解放军决定依托普通高校培养军队干部。2003年6月16日，教育部高校学生司、总政治部干部部联合发文公布《2003年从普通高等学校在校生中选拔国防生计划》。学校在测试技术与仪器等8个专业中选拔60名二年级在校生为国防生。
2003年11月3日，中国人民解放军海军依托南昌航空工业学院培养军队干部协议签字仪式在学校隆重举行。省委副书记王君、海军政治部副主任张宗银出席并发表了热情洋溢的讲话。海军政治部干部部副部长韩国平和刘高航共同在《海军政治部、南昌航空工业学院关于海军依托南昌航空工业学院选拔培养干部协议书》上签字。根据协议书，海军政治部在学校设立“中国人民解放军驻南昌航空工业学院后备军官选拔培养工作办公室”（简称选培办），从2003年起在学校开展选拔培养海军干部工作，学校成为全国首家为海军航空兵培养高科技人才的地方高校。2004年5月8日，海军学院（国防生军事学院）正式成立。(https://www.daowen.com)
学校积极探索国防生培养模式，与海军精诚合作，把军方对国防生培养的需要和学校自身特色相结合，探索出了一条具有昌航特色的国防生培养之路。2007年6月20日，由《人民日报》《解放军报》《经济日报》《科技日报》《中国青年报》《中国教育报》《人民海军报》、中央电视台、中央人民广播电台等主要媒体的20多位记者组成的国防生培养工作先进事迹中央新闻单位采访团来校参观采访。
同年7月27日，海军政治部主任李继耐看到《南昌航空大学和海军驻校选培办构建“昌航模式”开拓国防生培养新局面》的新闻报道后批示：“签约高校在国防生教育中发挥着主体作用，如何加强组织领导、整合教学资源，不断提高国防生培养质量，是当前应着力解决好的一个问题。南昌航空大学和驻校选培办在这方面进行了有益探索。”
2007年8月31日，应海军政治部的邀请，余欢出席在京举行的“昌航模式”先进经验中央媒体新闻宣传协调会。会上，余欢介绍“昌航模式”的一些创新的尝试。12月12日至13日，全国全军国防生培养工作会议在哈尔滨隆重召开。驻南昌航空大学选培办主任卢漭在大会上作了题为“构建昌航模式，打造人才航母”经验介绍。
2008年10月28日至29日，海军国防生教育培养与部队需求衔接座谈会在南昌航空大学召开，海军副政治委员范印华，海军政治部副主任刘纪林，总政干部部干部培训局局长刘滨亲临会场，来自海军机关有关部门领导，海军各直属单位政治部领导和军训、干部部部门领导，海军签约高校和有关部门领导及驻校选培办主任共90余人与会。2009年4月，海军确定南昌航空大学为国防生培养“三个衔接”试点单位。
2009年10月9日，新华社《国内动态清样》第4089期以《海军联合高校培育国防生军人核心价值观》为题，报道海军和南昌航空大学联合对国防生开展当代革命军人核心价值观教育活动。对此，中国人民解放军总政治部主任李继耐做了重要批示：“在国防生中开展当代军人核心价值观教育活动，是一项强根固本的基础工程，南昌航空大学‘四个结合’的做法好，符合国防生实际，抓住了培育活动的关键环节，值得借鉴。”10月14日，中共中央政治局委员、国务委员刘延东同志又作出重要批示：教育部“可商总政等相关部门，在有国防生培养任务的高校中推广此（指国内动态清样报道的南昌航空大学与海军联合，狠抓‘四个结合’，开展国防生当代革命军人核心价值观教育活动）经验”。“四个结合”指的是：与高校开放式管理现状相结合，打牢国防生从军习武献身国防的思想根基；与国防生日常军政训练相结合，努力践行核心价值观；与丰富多彩的校园文化相结合，注重多元文化的浸润熏陶；与机制创新和制度建设相结合，探索国防生思政教育的长效机制。2010年，教育部、总政治部联合下发通知，转发南昌航空大学培育国防生当代革命军人核心价值观的经验做法。同年，南昌航空大学国防生培养获教育部批准成立“国家级人才培养模式创新实验区”。