机构设置与调整

2013年6月，根据教育部《普通高等学校编制管理规程》和省委教育工委有关干部职数的规定等文件要求，对机构设置进行调整：撤销对外联络办公室（校友会办公室、教育发展基金会办公室）建制，保留校友会办公室、教育发展基金会办公室牌子，保密办公室不再独立设置，党政办公室下设副处级建制的保密办公室；撤销大学生资助中心处级建制，撤销文化素质教育中心（艺术教育中心）建制；教育教学评估中心与教务处合并，高职教学管理划归教务处；国防科技研究院与江西省航空制造业协同创新中心合署；撤销计划财务处会计委派中心副处级建制，成立副处级招标采购中心，挂靠计划财务处；基建处与后勤管理处合署办公；国际合作与交流处与国际教育学院合署；撤销研究生处牌子，保留研究生院（学位办）。

2016年5月，设立上海路校区管理办公室，正处级建制；设立校学术委员会秘书处，为校学术机构；实验室与设备管理处更名为国有资产管理处；设立南昌航空大学共青通航研究院；设立教师发展中心，正处级建制，与人事处合署办公；设立大学生职业发展教育中心，挂靠学生工作处；昌航教育发展基金办与校友办合署办公，副处级建制，挂靠校党政办公室；江西省航空制造业协同创新中心挂靠航空制造工程学院；离退休职工管理处更名为离退休职工工作处。

2019年12月，成立大学生就业指导服务中心，该中心主任由招生就业管理处处长兼任。

2020年5月，调整国防教育学院（人民武装部）机构设置，人民武装部保留原处级建制及职能，与学生工作部（处）合署办公。(https://www.daowen.com)

2020年10月，成立国内合作促进中心，正处级建制，与校友会办公室（教育发展基金会办公室）合署办公；调整学校纪委机构设置，学校纪委不作为学校内设机构，学校纪委所属的综合办公室、监督检查室调整为学校内设的党政管理机构（副处级建制），综合办公室更名为纪委综合办公室；科技园管理办公室由与创新创业实践学院合署改为与江西昌航资产经营管理有限公司合署。

2021年12月，为进一步创新体制机制、优化治理体系、激发办学治校活力、提升管理服务效能，按照优化结构、理顺关系、明晰职责的要求，对学校部分党政管理、教辅及业务机构进行调整：党政办公室更名为党委办公室、校长办公室（党办校办）；党务校务督查工作办公室与“党办校办”合署（保持现有建制不变）；国内合作促进中心更名为国内合作与联络处，由业务机构调整为党政管理机构；校友会办公室（教育发展基金会办公室）与国内合作与联络处合署；招标采购中心由党政管理机构调整为业务机构；成立融媒体中心（挂靠党委宣传部）；成立大学生素质教育中心、省情教育中心、航空博物馆，与现有国防教育学院（国防教育基地）四者合署；学术委员会秘书处挂靠科技处；创新创业实践学院更名为创新创业学院；学位办（研究生工作部、研究生院）更名为研究生院（加挂研究生工作部、学位办）。

2022年4月，为积极响应江西省数字经济“一号工程”，学校成立南昌航空大学数字经济研究院，正处级机构，暂时挂靠信息工程学院，软件学院、数学与信息科学学院、测试与光电工程学院、经济管理学院参与建设。