秋季病害防治的重点是炭疽病、叶锈病、煤污病等，虫害防治的重点是天牛类、凤蝶类、刺蛾类等，可用药剂防治、人工防治、黑光灯诱杀、清洁椒园、清除枯枝落叶、杂草，深埋或烧毁等方法。对木蠹蛾、吉丁虫、天牛类、花椒瘿蚊等害虫防治，在采收期不再使用化学农药，可用尖刀挑刺胶疤及伤口，捕杀蛀入干内初孵幼虫，剪除有虫瘿的枝条烧毁。耕翻园地、扩穴深翻，利用低温冻害降低越冬病虫源。
