一、药学数据资源
如同医学基础研究是源于临床、最终应用于临床一样，药学基础研究也是源于临床、最终应用于临床。药学数据只有与临床数据结合，才能体现出其信息目标价值。从化合物合成到药剂学研究，不论药理学研究，还是临床研究，其目标一直是临床应用。药学数据也只有与临床应用数据结合，才能体现出其信息目标价值。当然，某个阶段与范围内，药学数据还是有其独特规律的。药学科学活动，若以药物为线索，则可以简单地分为临床前研究阶段、临床研究阶段、临床应用阶段三个阶段或者领域。相应地，药学数据也可以分这三个阶段进行相应介绍。然而，现实中这三个阶段的实施主体以及数据记录却难以如此泾渭分明。
1）药学综合信息数据源
作为药学综合信息数据源的期刊文献载体，是一个各阶段、各亚学科、各专业领域文献数据的集成，是一个重要药学数据源。其中，除常用的中外文综合数据库外，还有各专业协会全文期刊自建库，以及MICROMEDEX Drug Information、Primal Picture、EBSCOMEDLINE等外文数据库可以提供全文信息，但碍于信息化进程，外文医药学文献以近五十年的期刊文献为主，中文的医药学文献则以近三十年的期刊文献为主。
相对而言，中文期刊的全文数据库建设起步相对较晚，历史文献有所缺失。但是，不论国内期刊全文数据库，还是国外期刊摘要数据库，这些数据库建立过程中均存在文献数据源重复问题，但是又各有收载编辑特色，有的侧重临床信息，有的侧重基础研究信息，这为大学等科研院所图书馆的采购、读者使用增加了困难。不仅增加了购置费用，跨库、跨平台检索平添了操作不便，更因为不同数据库采用不同的分类方法标准、不同的主题词汇，容易产生信息检索不全面等问题。
2）药物临床前研究阶段常用数据源
药物临床前研究阶段的主要内容有化学合成、药物分析研究、药效学和毒理学研究以及药剂学的研究。当前还更多地涉及基因序列的靶向识别。每个领域都有比较成熟的相应数据库，例如有机合成方法数据库（Chem Key Search Database）、化学反应保护基团数据库（Protecting Groups）、化学动力学数据库（Chemical Kinetics Database）。更后期阶段的研究数据库也已经投入到研究实践中，譬如化合物结构与生物效应关系数据库、高通量筛选数据库等均取得长足进步。然而，这些数据库均由不同机构建立，各自独立成为体系，而且当前许多这样的数据广泛分布于研究机构，或者具有专有权的研发公司筛选数据库中，难以直接使用。
著名的制药公司、药品研发巨头葛兰素史克（GlaxoSmith Kline）公司于2010年5月向全世界开放其疟疾全细胞筛选数据库（Whole－Cell Malaria Screening Data），该库包括200万个化合物，其中超过13500个化合物具有抑制疟原虫活性的全部测试数据。与既往医药公司将进一步测试，寻找可以上市专利新药研发思路不同的是，这次公司选择了开放该数据库，共享研究数据口。有专业人员对该数据库的数据质量包括化合物分子结构及性质，按主要医药公司研发过程中采用的安全模型的测试结果进行了评估，发现该数据库具有极高的科研价值，认为其必将推动抗疟新药的研发进程。
单一数据库往往难以获得全面信息，通过整合多个的化合物化学构效关系（structureactivity relationship，SAR）数据库，可以构建新药研发的新平台，打破单一数据库难以获得全面信息的壁垒。譬如有研究整合了几个大型的化合物构效关系数据库，探索化合物化学结构与生物靶标之间的整体关系。利用大量药物化学构效关系数据库描绘了一个迄今为止最为完整的构效关系图，。揭示了化合物化学结构与生物靶标之间的整体关系。整合后的数据库包括约480万个化合物以及基于3 000蛋白质靶标的60万个化合物的构效数据（如IC50等），初步鉴定了由人体基因组编码的529个蛋白质，发现了至少有1个结合亲和力小于100 nmol/l，的化合物可以满足口服药物吸收的Lipinski五要素法则（theI，ipinski rule－of－five）。结果提示，该方法可以解决化合物多靶标作用问题，促进作用广泛药物设计研究策略的发展，同时随着预测性模型的应用，有望大幅提高新药研发过程中的成功率。
3）药物临床试验阶段常用数据源(https://www.daowen.com)
虽然自新药审批要求进行药物临床试验工作以来，就启动了临床试验注册工作，但是药物临床研究数据的保管保存历来比较分散，直到临床试验注册数据库的建立与开放，情况才大为改观。这些数据库中，影响力比较大的当属美国临床试验信息网（http：//www.clinicaltrials.gov）。这是美国国立卫生研究院（the National Institutes of Health）所属国立图书馆（the National Library of Medicine）根据《食品药品管理现代化法案1997》（the Food“nd Drug Administrotion Modernization Actot 1997）建立的临床试验数据库，于2000年开始运行，向医疗科研人员和机构提供临床试验注册服务。同时，可供患者及其家庭成员、医疗专业人员、研究者和社会大众方便地查询有关临床试验的诸多数据与信息。网站中数据由临床试验的申办方或主要研究者负责更新维护。
临床试验信息网中每一条临床试验记录除了包含临床研究项目概要之外，还包括研究的疾病种类、干预措施（如药品或器械、研究过程等）、研究方法设计、志愿者入选标准、参与的医疗机构及其联系方式；已经完成的临床试验记录还包括研究对象的信息，如开始参与人数、完成试验的人数以及人群性别年龄等特征，研究结果、研究过程中发现的不良事件总结，同时还包括诸如发表的论文的链接等。临床试验信息网是免费使用的，可以查询、浏览网站数据库中所有临床试验研究进行情况，了解临床试验研究的设计与实施情况，还可以利用注册的临床研究数据进行综合统计分析。
欧洲临床试验数据库（https：//eudract.ema.europa.eu）向公众开放了2004年5月之后在欧盟进行的所有临床试验研究的相关数据。国际制药企业联合会临床试验网（http：//clinicaltrials.ifpma.org）中为已建好的临床试验数据库新增加了一个儿童临床试验研究搜索工具，通过该工具可以获得进行中或已经完成的专为儿童开发或被儿科采用的新药的研究信息。
虽然，诸多临床试验信息网及数据库建立后，国际医学期刊编辑委员会（International Committee of Medical Journal Editors）要求前瞻性临床试验研究只有在开始进行之前在规定的网站上注册后，该临床试验研究形成的论文稿件才能在这些知名国际性医学期刊上发表。但是，有研究表明。已登记的临床试验完成后，公布其实验数据的不足一半；而另一方面，注册试验数据发表在专业期刊中又不足一半。单纯依赖公开发表的文献数据与信息进行药品有效性、安全性评估，最后结论难免会失之偏颇。
4）药物临床治疗常用数据源
“基于临床问题，获取评价证据，解决具体患者问题”的循证医学方法形成于20世纪80年代早期。其研究与实践重点是将证据评价结果用于具体患者的治疗。因而，循证医学数据是药物临床治疗证据主要来源之一。譬如，临床证据数据库、Cochrane协作网（http：，//www.cochrane.org）等。其中，临床证据数据库（http：//www.clinicalevidence.org）提供了相对成熟的临床疾病治疗的整合证据；专科临床信息资源如循证儿科和循证儿童健康（Evidence Based Pediatrics and Child Health）提供了专门数据资源及方便的检索查阅途径。Cochrane系统评价资料库（The Cochrane Database of Systematic Reviews）、疗效评价文摘库（The Database of Abstracts of Review of Effectiveness）等提供了评价分析后的临床数据，方便了临床医务工作者的直接获取。一些诸如vid数据库提供商还整合了常用医药学信息系统，操作便捷，提高了临床医务工作者数据与信息利用效率。
药物治疗过程的直接数据更多地以医嘱、病历形式存储于各个医疗机构的医院信息系统中诸多数据库中，这些数据是临床实践的真实记录，可以直接反映临床实践的真实情况，单一医院信息系统内数据完整性、可利用性得到保证。但是当前各个医疗机构采用了不同的信息系统，应用比较广泛的有“金卫工程”“军卫工程”，其系统流程设计和数据格式存在明显差异，兼容性差，造成不同医疗机构之间不能进行信息交换，造成网络的割裂和医疗信息孤岛。上海申康医院发展中心主导的“医联工程”着眼于区域医疗信息共享及协同服务，通过建设数据交换平台，实现了医院之间信息互通，实现了医院间大规模临床信息数据实时共享以及动态更新、高效存储检索等目标。医联工程数据中心的建立可以提供区域跨医疗机构医疗数据信息的共享，将为区域医药临床实践与研究提供更详尽的数据支持。
基于法律规定与隐私保护考虑，门诊处方记录、住院医嘱记录数据难以在相对开放的互联网数据库中采集与存储。目前可以获取与分析的药学网络数据中比较成熟的有各个网站的药品营销数据。这些数据的挖掘可以反映出药品消费者的某些特征，甚至疾病诸如感冒等流行特征。然而，当前中国管理部门许可的网络经营药品的部门有限，绝大部分药品必须通过医院药房获取，公众也习惯于在医院就医取药，网络数据尚难以反映完整的医疗行为信息。