崇德上皇被处流放

当晚，藤原忠通恢复了藤原氏家督的地位，平清盛、源义朝等从战场归来后，详细奏报了战况。朝廷派检非违使搜检崇德上皇的三条乌丸御所、藤原赖长的壬生府邸等，搜捕余党，烧毁房屋。京师也重新归于平静。朝廷还派检非违使源季实等前往大和国，搜捕逃犯。

早在保元元年（1156年）七月十日清晨，崇德上皇就已经仓皇逃出，后来逃到仁和寺投奔觉性法亲王，但觉性法亲王拒不相见。于是，崇德上皇只得暂居宽遍法印的禅房，之后在此落饰出家。

由于仁和寺的奏报，朝廷派崇德上皇的藏人式部大辅源重成等人前往仁和寺看守崇德上皇，并派遣检非违使平实俊将崇德上皇的两位皇子幽禁在东洞院府邸。

保元元年（1156年）七月二十四日，崇德上皇被处流放赞岐国，只有宠妃兵卫佐局等三人随行。两位皇子被送往仁和寺，落发出家。

此外，朝廷还派遣泷口卫士（宫中卫士）前往查验藤原赖长墓的真伪。藤原赖长之子藤原兼长、藤原师长、藤原隆长、藤原范长等，均被处流放。