（一）闲山岛海战

日军十三万多人渡海来到朝鲜，以釜山、竹岛、安骨浦、西生浦、东莱、机张、蔚山、加德、梁山、豆片浦等地为根据地，入侵熊川、金海、昌原、咸安、晋州、固州、泗川、昆阳等地。不过，和上次战役不同的是，日军占据营垒，打持久战。日军在巩固根据地之后，稳扎稳打，步步为营。自上次战争以后，朝鲜到处都很荒凉，粮食匮乏，需要进行后勤补给。当时交通不便，日军是无法长驱直入的。而且朝鲜海军比日本海军强大，搞不好日军会被切断后路。因此，日军要保障海岸的安全，需要打败朝鲜的海军。朝鲜海军之所以强大，是因为有李舜臣，小西行长制订计划，打算打败李舜臣。在上次战役中，李舜臣救了朱元均，朱元均恢复了名誉。尽管如此，朱元均不断诋毁李舜臣，还把海战胜利的果实归为己有，排挤李舜臣。小西行长非常清楚这一点，想方设法除掉李舜臣，打败朝鲜海军，以雪上次战役之辱。小西行长遣使到金应瑞那里，说李舜臣狐疑不定，贻误战机。这一措施果然奏效，朝鲜国王下令逮捕李舜臣，将其监禁在京城。朝鲜国王任命朱元均为统制使，让他到闲山岛指挥海军与日军作战。

庆长二年（1597年）七月，日军众将赶紧出兵，在唐岛袭击朱元均的海军。藤堂高虎、胁坂安治、加藤嘉明等共同进军，大败朝鲜海军。加藤嘉明夺了朝鲜海军一艘大型军舰。这次海战失败之后，朱元均虽然保住了闲山岛，但已经处于弱势。庆长二年七月六日，朱元均率领军舰到釜山和日本海军决战。当时，小西行长已经在全罗道登陆，听说朱元均来攻打日本海军，小西行长在熊川县南面十五千米处的加德岛埋伏了一支部队。之后，小西行长亲自率军在位于釜山港中央的绝影岛反击朱元均的海军。朱元均的海军被打败，退到加德岛。这时，小西行长的伏兵向朱元均的海军发动袭击，杀死了朱元均的将士四百余人。朱元均狼狈逃回黍川岛。

庆长二年七月十六日黎明，小西行长趁朱元均疲惫不堪、防备松懈之际发动突袭，朱元均战死，朝鲜海军溃退。之后，小西行长乘胜攻克南海、顺天各城堡，向豆片津、南原进军。朱元均战败的消息传到京城，朝鲜朝野震惊。朝鲜国王向群臣征求意见，庆林君、金命元等主张起用李舜臣为统制使。李舜臣当时被贬谪到庆尚道晋州，他奉命抵达顺天府的会宁浦，凑了十三只军舰来到全罗道海南县的碧波亭。日本海军航行在全罗道的海面上，准备攻打忠清道、京畿道。日本海军的先锋部队与李舜臣的海军遭遇，被李舜臣打败了。尽管如此，李舜臣士气不振，不敢主动与日本海军作战，日本海军掌握了全罗道的制海权。庆长三年（1598年）二月，李舜臣在全罗道唐津县之南的古今岛安营，储备粮食，铸造大炮，制造船舶，防御日本海军入侵。庆长三年四月，明朝水师提督陈璘率领浙江海军军舰五百余艘来到全罗道，援助李舜臣，共同与日本海军作战。之后，双方海军没有发生大的冲突。