8.1.2 研究位点的选取

8.1.2 研究位点的选取

(1)CACNA1C基因介绍

CACNA1C基因编码L-型钙离子通道Cav1.2蛋白的α1C亚单位(calcium channel,voltage-dependent,L type,alpha 1C subunit,M IM:114205)全长644.7 kb,位于染色体12p13.3的位置(从2162416到2807115),含有56个外显子。CACNA1C基因编码2138个氨基酸蛋白,由24跨膜结构形成一个离子进入细胞内的通道,见图8-1、图8-2。

(2)SNP的选择

我们从美国NCBI网站(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)查找到并下载了CACNA1C基因的DNA全序列,并采用Hap loview软件,按照成对标签法,选取标准r2≥0.8,最小等位基因频率(MAF)大于或等于0.05的标签SNP(tag-SNPs)。我们选择了位于CACNA1C基因intron3中的11个tag-SNPs:rs10774029,rs2239015,rs2239016,rs10848628,rs2283290,rs2238056,rs1006737,rs2239035,rs882194,rs2239037,rs10774037。具体信息见表8-2,位置示意见图8-6。 (https://www.daowen.com)

表8-2 用来分型的CACNA1C基因中的11个SNP的信息

图示
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图8-6 选取的11个标签SNP在CACNA1C基因内位置示意图