溃疡性结肠炎患者使用硫唑嘌呤的不良反应有许多。可抑制骨髓生长、对肝脏造成损害、致胎儿畸形，亦可出现皮疹，偶尔会在一些患者中见到肌肉萎缩，主要表现为类似感冒的症状（身体肌肉疼、头疼、腹泻及大便不成形等），一般在服药2~3周后出现，停药后很快消失。还可能导致白细胞减少症，有时对胰腺功能也有一定的损害。硫唑嘌呤是病情稳定期用于缓解症状的主要药物之一，如果可以坚持连续使用本药3周以上，患者的不良反应可以得到有效缓解。
