日机轰炸国立西北农学院
“武功军事会议”在国立西北农学院召开后，武功一带的百姓传说日军以为蒋介石还住在武功，或者为要害机关所在，因此多次遭到日寇飞机轰炸。其实，看来两者并不相关。如果说，日寇是有计划地轰炸高等学校所在地，就像轰炸汉中国立西北联合大学驻地那样，那倒有可能。
日机轰炸武功“西农”所在地，第一次是在1940年8月30日上午10时许，日机24架先后分两批轰炸“西农”，投弹120余枚，炸毁校舍136间，震坏房屋366间，毁坏玻璃1万多块，蓄水池2个及其他物资仪器。轰炸殃及国立西北农学院周围的张家岗和东韩村，无辜村民被炸死8人，伤15人。
遭日机轰炸后的西农主楼（三号楼）外景
第二次是在1941年8月5日上午8：30，日机7架轰炸“西农”，投弹20余枚。(https://www.daowen.com)
第三次是在1941年11月3日上午8时和下午4时，日机1架和4架分两次轰炸“西农”，投弹30余枚，炸死职员1人、学生2人（大学生1人，高职考生1人），校警1人受重伤。除此之外，种猪、种马亦有死伤，校舍、仪器设备被炸。其中师生宿舍被炸毁136间，震毁门窗、墙壁、顶棚的房舍366间，损失47万余法币。[6]
以上多次轰炸，损失巨大。昔日召开“武功军事会议”的旧址——“西农”奠基大楼被多次轰炸，弹痕累累，至今清晰可见。刘均爱回忆：刘潇然先生就是1940年间在日机轰炸“西农”时到校上课的，警报一响，多数师生仍会一拥而出，跑往野外，有时半天甚至一天也就不上课了。然而，同学们听刘先生的课时神情专注，即便防空警报响了，但刘先生的“农业经济”课学生无一离座。老师从容讲授，同学静心听讲，必等老师刹住话题，听完最后一句始走出教室躲避”。[7]
1997年“西农”基建时从地下挖出的日军未爆炸弹和炸弹残片
遭轰炸的这座高七层的奠基大楼，20世纪三四十年代居西北第一高楼，在抗战中曾设为陕西省防空哨。日机飞临轰炸内地后方，大楼警报钟声终日长鸣。1997年基建时，在其楼前和楼内防空洞口，挖出一枚逾百公斤重的日军94式未爆炸炸弹。这座大楼于2008年已被陕西省人民政府确立为第五批文物保护单位。