部分单位不能正视前期工作管理中存在的问题，有怕“揭丑”的思想
对前期工作经费进行自查，认为管理上也有不规范的地方，但自查报告却不愿反映，对违纪违规金额不愿上报。个别单位的自查有走过场的情况。
通过调查、座谈和对有关的资料进行分析，我们认为，水利前期工作经费运行和管理中之所以产生以上的问题，其原因主要有四个方面。
一是观念落后。不少同志仍是计划经济条件下的思想观念，认为，这几年水利前期工作投资增加，“钱好要、好花”，在前期工作经费管理制度还不够完善的情况下，要尽可能地多争取一些项目，增加内部积累，而不顾本单位从事前期工作的实际能力；有的认为水利主管部门与水利勘测设计、科研单位是“一家人”，“肥水不流外人田”，实施项目招标投标是“自己卡自己”，抱守残缺，没有把水利前期工作纳入社会主义市场经济体制和国家基本建设管理体制改革的大环境下去思考，没有把本单位置身于市场体系，通过深化内部管理制度的改革，在市场竞争中求得生存和发展。如果这些单位仍不能适应社会形势发展的需要，建立适应社会主义市场经济的运行机制，一旦国家真正引入市场竞争机制，减少指令性的水利前期工作项目，将陷入非常被动的局面。(https://www.daowen.com)
二是水利单位管理体制和运行机制不适应市场经济发展的要求。水利前期工作承担单位的管理体制大多仍是计划经济条件下事业单位的管理体制。水利前期工作项目仍以国家指令性的计划任务为主。水利前期工作项目招标投标工作仍然处于号召阶段，并没有具体的实施措施。由于历史的原因，水利勘测设计、科研等承担前期工作任务的单位经济基础薄弱，受行业、技术、人才等方面条件的制约，按照建立现代企业制度的要求真正走向市场还有一定的困难。推进水利企事业单位走向市场的政策和措施还不到位。
三是水利前期工作原有的制度、办法已不能适应客观变化了的新形势。例如：事业单位承担前期工作项目，要求按照基本建设资金进行核算和管理，其相关人员的工资和管理费用不能在前期工作经费中列支，难以按照权责发生制原则实行项目全成本核算；前期工作经费的开支范围和标准、结余资金的分配处理规定不够明确；对前期工作经费的监督、约束和激励机制有待进一步完善等。这给前期工作项目的实施以及经费核算和管理带来不少问题。
四是水利事业单位经费不足，积留问题多，负担重，形成挤占、转移、挪用水利前期工作项目经费的情况。这些问题需要随着国家事业单位改革的深化逐步解决。