洞是黄鳝用头钻成的，结构较为复杂，洞穴深，洞道弯曲，多分叉，每个洞穴至少有两个洞口，分别称之为前洞和后洞。有的黄鳝洞穴更复杂，还有岔洞，一般相距60～90厘米，一个洞口在水中，供外出觅食或作临时的退路；另一个洞口通常离水面10～30厘米，便于呼吸，在水位变化大的水体中，有时甚至有4～5个洞口。洞口通常开于隐蔽处，洞口下缘2/3没于水中。在水田中的洞，离地面3～4厘米，呈横向发展。前洞产卵处比较宽，后洞较窄，洞长为黄鳝体长的3～5倍。
