二、确定研究对象
研究对象包括两组人，一组是病例组，经金标准确诊为某疾病的患者，应该包括该病轻、中、重各型，早、中、晚各期，典型和不典型的，有和无并发症者，治疗过与未治疗过的。应明确病例来源，因为不同性质、不同级别医院就诊患者患病率不同，影响诊断的预测值。另一组是非病例组或对照组：金标准证实未患所研究疾病外，其他因素和特征上应与病例组可比，是可能引起阳性结果的病例和与目标疾病容易混淆的病例。
（一）暴露与暴露因素
病例对照研究是以一组患有某病者（病例）和一组或几组未患该病但在某些已知因素方面与病例组相似者（对照）为研究对象，调查他们过去是否暴露于某个或某些可疑致病因素或暴露剂量，比较两组暴露比值，推断研究因子作为病因的可能性。暴露是指研究对象接触某些因素，或具备某些特征，或处于某种状态。暴露因素可以是机体固有的、先天的，也可以是体外的、后天的，暴露因素也叫研究变量。
（二）病例与对照匹配
1.频数匹配（成组匹配） 对照组和病例组在某些特征或变量的构成比例一致。
2.个体匹配 一个病例配1-M 个特征与变量一致的对照者，组成一个分析单位。1∶1匹配时称为配对，1∶M 比例匹配时称匹配或配比。
匹配的因素必须是已知或怀疑是混杂因子。被研究的因素，即可疑病因不能作为匹配因素。把不应该匹配的因素进行匹配，不仅增加了工作难度，而且该因素可能就是所研究疾病的一个危险因子，由于匹配的因素不参与分析，而导致丢失了信息，使研究因素和疾病之间的关联减弱或消失。
病例对照与队列研究作为病因研究的主要方法，有其各自的优势与不足。流行病学研究的发展特别是分子生物学技术的引入促进了两者的结合，衍生了多种改进的、非传统意义的病例研究方法，如巢式病例对照研究、病例队列研究、病例交叉研究、单纯病例研究和病例-时间-对照研究等。
（三）巢式病例对照研究(https://www.daowen.com)
又称套叠式病例对照研究或队列内病例对照研究。
1.原理 确定某一个人群作为研究的队列，收集队列中每个成员的有关资料信息和（或）生物标本（血清、白细胞或其他组织），队列随访，由发生在该队列内的某疾病（即所要研究的疾病）的新发病例组成病例组，为每个病例选取一定数量的研究对象作为对照组，对照应为该队列内部，在其对应的病例发病时尚未发生相同疾病的人，并且按年龄、性别、社会阶层等因素进行匹配（此即危险集抽样），分别抽出病例组和对照组的相关资料及生物标本按病例对照研究（主要是匹配病例对照研究）的分析方法进行资料的统计分析和推论。
2.类型
（1）按时间分：前瞻性巢式病例对照研究；回顾性巢式病例对照研究。
（2）按设计分：匹配巢式病例对照研究；不匹配巢式病例对照研究。
3.特点
（1）巢式病例对照研究中的病例与对照来自于同一队列，因此降低了效应估计时的选择偏倚且可比性好。
（2）巢式病例对照研究中的暴露资料是在疾病诊断前收集的，如果研究结果显示暴露与疾病存在关联，那么该关联与因果推断的时间顺序相符合，而且回忆偏倚小或可以避免，因果联系的推断更有力。
（3）巢式病例对照研究的统计效率和检验效率高于病例对照研究，而且可以计算疾病频率。