我国临床医学专业学位与科学学位研究生培养模式的比较
（一）培养目标
培养目标是指通过培养过程，使研究生在知识、能力、素质上所要达到的基本要求和规格标准。临床医学科学学位研究生的培养目标，主要是面向高等医学院校和医疗科研机构培养医学师资和从事基础或临床基础研究的研究人员，要求掌握本学科坚实系统的医学理论知识，具有进行创造性学术活动和较高水平的科研工作能力，培养的侧重点在于学术理论、实验研究和科研能力训练；而临床医学专业学位研究生培养目标，主要是面向医疗卫生机构培养高层次临床医师，要求具有坚实系统的临床医学专业知识，较强的临床工作能力，熟悉临床科学研究过程，培养的侧重点在于临床能力的训练和提高。
（二）指导方式
设置专业学位之前，临床医学研究生培养主要采用“学徒式”指导方式，其特点是研究生充当导师的科研助手，在导师的指导下独立开展研究活动。这种方式有利于培养学生的科学研究能力及其学术理论水平，适用于临床医学科学学位研究生的培养，要求导师具有较高的理论学术水平和较多的科研项目与经费。根据《试行办法》要求，临床医学专业学位研究生培养，一般需要18个月时间到本专业以外的相关科室轮转，以全面培养学生的临床工作能力，而研究生在导师指导下从事本专业临床工作和撰写学位论文的时间通常为12个月，所以“协作式”指导方式更适用于临床医学专业学位研究生培养，有利于充分发挥导师与相关科室带教医师的协作指导作用。这种培养方式，要求导师不但具有较高的临床工作能力水平，还应当具有丰富的临床教学经验。
（三）课程学习
临床医学科学学位研究生教育注重学生理论知识的学习和发展知识能力的学习，通过传授系统和完整的学科知识，实现研究生对学科知识的创新与发展。因此要以学科知识体系为框架设置学位课程，多采用启发式、学术交流互动式等教学方式来组织课程教学。而临床医学专业学位研究生教育，在课程体系设计和教学内容选择上，注重基础性、实践性的同时，更要突出临床医学的新理论、临床医疗新技术和新方法，教学方式多采用案例教学、模拟训练或现场教学等，注重培养学生临床思维和临床分析能力及对临床诊疗新技术、新方法的运用能力。
（四）临床实践
临床医学科学学位研究生侧重科研能力的培养，所以通常只安排6个月时间在本学科进行临床实践，如跟随导师查房、看门诊，熟悉了解临床医疗工作的一般过程和基本要求。而临床医学专业学位研究生侧重临床思维能力和分析能力的培养，一般安排12个月时间跟随导师在本学科专业临床工作实践，安排18个月时间到与本专业相关的临床科室、辅助科室轮转。因此，与科学学位研究生相比，临床医学专业学位研究生的临床实践时间较长，轮转科室较多，使得他们临床能力的训练和提高得到有力的保障。
（五）学位论文
学位论文是研究生培养环节的重要组成部分。研究生通过论文选题、研究材料整理与归纳、数据处理与分析及学位论文撰写等方面的训练，掌握课题研究的方法与手段，培养解决实际问题的能力。临床医学科学学位研究生论文的选题一般是导师科研基金项目的子课题，是对本学科领域新知识、新理论或新技术的实验研究，要求做出具有理论学术价值的创新性成果。论文质量标准体现为学术性和创新性。而专业学位论文与科学学位论文的根本区别就在于其应用价值。没有应用性，只是理论探讨或机制研究就不能称其为专业学位论文，临床医学专业学位研究生的学位论文形式可以是病历分析报告或文献综述。临床专业学位研究生论文选题，一般结合临床工作实践，以临床实际工作中遇到的实际问题为研究对象，其创新性主要表现在通过分析过去及现在的临床工作实际问题，归纳总结出的新理论、新方法或新技术，对以后的临床工作具有指导意义，具有新的应用价值。
（六）质量评价
临床医学科学学位研究生的培养质量评价一般采用中期考核和学位论文答辩的办法，如严格的开题报告审查制度、学位论文所解决的学术问题要具有一定的科学性、先进性、创新性。而临床能力考核和答辩则是评价临床医学专业学位研究生培养质量的主要方式。例如，临床医学专业学位研究生在完成每一个临床科室轮转培训时要进行出科考核；在完成所规定的临床科室轮转时要进行阶段考核；在完成临床专科培训时要进行临床能力毕业考核答辩。只有通过临床能力毕业考核的研究生，方可申请学位论文答辩。按照《试行办法》的要求，把考核和答辩贯穿临床医学专业学位研究生培养的全过程，保证临床医学专业学位研究生的培养质量。