区内矿山废水主要包括矿坑水、选矿废水、洗煤水等，由于前期矿山开采的不规范化，以及疏于管理，一些井采煤矿常把矿坑废水废液随意向附近的沟谷中排放，使矿区土地及水资源受到不同程度的污染。宁东基地大多数矿山排水水质达标，对水资源的污染程度较小。
宁东能源基地矿产开采模式既有井工开采，亦有露天开采，露天煤矿废渣占用破坏土地面积较大。粉尘主要包括灰尘、尘埃、烟尘、矿尘、砂尘、粉末等。另外，当废弃物堆放过高时，可能产生滑坡，在雨季，这些又会成为泥石流的物质来源。
