2.西医治疗
目前其发病机制尚无定论，慢传输型便秘常与胃排空延迟及小肠转运时间的延长、结肠运动功能或动力障碍相关，而出口梗阻型便秘与肛门括约肌在排便时缺乏正常的功能或盆底功能障碍等相关，严重的顽固性便秘可能是由肠神经系统、神经、受体或脑肠轴的失调或紊乱所致，药物因素、不良饮食、排便习惯、运动量少、心理精神因素及系统性疾病等都有可能引起功能性便秘的发生。西医治疗主要是缓解症状，恢复正常的肠动力和排便生理功能；对有明确病因者进行病因治疗。
2.1 药物治疗
2.1.1 泻药
常用的泻剂包括刺激性泻药、容量性泻药、润滑性泻药和渗透性泻药。目前多采用前三种泻药治疗，值得重视的是，刺激性泻剂应避免长期使用，其虽可明显迅速缓解患者的便秘症状，但久服滥用可产生药物依赖性，引起结肠黑变病，增加结直肠癌的风险；容量性泻药主要靠增加粪便容积软化粪便，腹泻的不良反应较严重；而润滑性泻药长期服用可致脂溶性维生素吸收障碍；因此，渗透性泻药逐渐受到重视，目前常用的乳果糖能增加FC患者血浆胃动素（MTL）的水平，降低一氧化氮（NO）的水平，从而增加消化道的动力，增强胃肠道的兴奋性；聚乙二醇4000作为一种新型的渗透性泻剂，其通过氢键作用锁住水分子，软化粪便，效果显著，且不良反应发生率低。
2.1.2 促动力药
促动力药主要是5-HT4受体激动剂，通过刺激肠肌间神经元，促进平滑肌蠕动，同时作用于胃肠器官壁内神经丛，能促进乙酰胆碱释放和增加胆碱能作用，从而对整个胃肠道的运动具有促进作用，推进肠内容物运行。如莫沙必利能增加患者的排便次数、改善患者的大便性状，可缩短结肠传输的时间。而伊托必利是一种新型的胃肠动力药，通过拮抗多巴胺D2受体和抑制胆碱脂酶的方式，兴奋及促进胃肠动力，具有双重拮抗作用。临床运用中，由于促动力药的作用较为广泛，其所致的不良反应也相对增多，如西沙比利的心脏毒性作用，莫沙必利复发率高，且有腹泻、稀便、口干、全身乏力、头痛等副反应；尚有研究报道促动力药对出口梗阻型便秘的疗效不佳。
2.1.3 膳食纤维制剂
膳食纤维制剂包括麦麸、甲基纤维等，通过增加膳食中的纤维素含量，提高粪便的含水量，增加粪便的体积，加快肠道传输，从而达到治疗效果，但大量运用，其中所含的植酸可造成蛋白质及微量元素吸收障碍，致腹胀的发生，因此肠梗阻患者禁用。
2.1.4 微生态制剂(https://www.daowen.com)
目前微生物制剂主要包括益生菌、益生素、合生等。由于功能性便秘患者肠道内专性厌氧菌特别是双歧杆菌减少，代以腐败菌大量增加，产生大量肠毒素及有害气体，造成肠功能紊乱，致使便秘进一步恶化，而服用微生态制剂可改善肠道功能，使便秘得以缓解，不仅远期效果满意，且不良反应少。
2.2 生物反馈
生物反馈训练可以明显缓解功能性便秘患者的排便困难症状，通过改善胃肠道生理功能，减轻焦虑抑郁水平来提高患者生活质量，其长期疗效较好，是FC功能性便秘的首选治疗方法。
2.3 结肠水疗
结肠水疗通过结肠水疗仪经肛门向肠内注入净化处理过的温水，对整个结肠进行清洁灌洗而达到帮助粪便排出，并可向结肠内灌注药物达到治疗便秘目的治疗方法。非插入式结肠水疗法能够明显改善FC患者排便不尽感、排便费力等相关性症状，且明显提高患者生存质量。
2.4 心理治疗
对上述治疗方法疗效不是很理想，尤其是长期受便秘困扰的患者要考虑其心理因素，经心理评估工具，如汉密尔顿抑郁量表、汉密尔顿焦虑量表和症状自评量表等测量证实有相关精神心理障碍者，应正确指导患者的饮食、起居、运动，给予心理方面的治疗，鼓励患者克服排便的恐惧感，重视便意，建立正常的排便习惯，近年来，三环类抗抑郁药和5-羟色胺再摄取抑制剂在治疗心理因素相关性的慢性便秘中取得较好疗效。
2.5 外科手术
经内科保守治疗后症状无明显改善，满足手术指征，方考虑手术治疗。外科手术主要针对慢传输型便秘、出口梗阻型便秘如严重的直肠前膨出症、直肠黏膜内脱垂、耻骨直肠肌肥厚，以及混合型便秘的部分患者。慢传输型便秘的手术方式众多，对于手术方式的选择，目前仍存在争议。全结肠切除、回肠直肠吻合术术后易发生顽固性腹泻、营养不良等并发症。次全结肠切除、盲肠直肠吻合术是目前运用较多的术式，其运用前提是直肠、盲肠、升结肠必须具有正常功能，但术前手术者难以做出准确判断。结直肠全切除回肠J形储袋肛管吻合术是具有长期疗效的手术方式，但对手术技术要求高，且术后可能发生肠粘连、吻合口漏、储袋炎等并发症。对于出口梗阻型便秘之直肠黏膜松弛和直肠前突，现临床上多用PPH的手术方法治疗，目的是为了切除松弛的直肠黏膜，使直肠黏膜及直肠前壁处产生张力，从而恢复肠道的通畅性，解决排便不畅、排便阻塞感。其术后相对于传统手术合口感染、血肿及狭窄的并发症降低，减少了直肠瘘及直肠阴道瘘发生。而耻骨直肠肌肥厚者，一般主张行耻骨直肠肌松解术。