一、PubMed

2026年08月16日

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一、PubMed

（一）数据库概述

PubMed由美国国立医学图书馆（National Library of Medicine，简称NLM）所属的国家生物技术信息中心（National Center of Biotechnology Information，简称NCBI）开发，是一个以Web方式免费向用户提供服务的生物医学文献检索系统。

1836年建立的美国国立医学图书馆是世界上最大的研究型图书馆之一，也是著名的生物学、医学情报研究中心。1988年，NLM创建了国家生物技术信息中心。NCBI的使命是开发新的信息技术，以帮助理解控制健康和疾病的基本分子和遗传过程，主要负责创建用于存储和分析分子生物学、生物化学和遗传学知识的自动化系统；促进医学界使用此类数据库和软件；协调在国内和国际上收集生物技术信息的努力；对基于计算机的信息处理的先进方法进行研究，以分析生物学重要分子的结构和功能。

1.PubMed的由来

最早可以追溯到1879年，NLM编译出版医学文献检索刊物《医学索引》（Index Medicus，简称IM），是世界上第一个医学文献检索工具。

1964年，为了实现IM的自动化编辑出版，NLM开发了“医学文献分析与检索系统”（Medical Literature Analysis and Retrieval System，简称MEDLARS）。目前MEDLARS已拥有40多个数据库，其中最重要、最大且发展最早的为MEDLINE（MEDLARS On Line）生物医学数据库。

1971年，MEDLINE正式建成联机数据库，并通过MEDLARS开展国际联机检索服务。MEDLINE投入联机检索服务以来，一直是MEDLARS最大的、使用频率最高的数据库。

1983年，随着光盘技术的发展，MEDLINE光盘数据库建成，并在全世界范围内得到了广泛的应用。

1997年，NCBI在Entrez集成检索系统上开发了基于互联网、以MEDLINE数据库为核心内容的检索系统，即MEDLINE网络版，取名PubMed，并向全世界免费开放，可通过互联网访问（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/；http://www.pubmed.gov）。PubMed访问免费，收录的权威生物医学期刊多，回溯年限长，数据更新速度快，时效性强，标引质量高，检索途径多样、便捷，外部链接丰富，还提供专业的个性化服务。全世界的医学科研人员及医务工作者，都可以通过PubMed实时跟踪世界范围内生物医学研究的最新进展。PubMed已是生物医学领域最权威、最具影响力、最理想的检索工具，也是使用频率最高的医学网站。

2.PubMed的收录范围及来源

PubMed收录了全世界80多个国家11000多种生物医学期刊的文摘及题录数据，主要是生物医学、卫生保健及生命科学相关文献，2000年起增加了环境科学、生物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容，绝大部分可回溯至1948年，部分早期文献可回溯至1865年。PubMed已累积了2900多万条文献记录，以题录和文摘形式进行报道，部分文献可直接获取全文。

PubMed的每条记录都有唯一的识别号PMID（PubMed unique identifier）。PubMed的数据主要来源有：

（1）MEDLINE：1966年至今的MEDLINE已标引数据，是PubMed的主体部分，有MeSH字段和摘要，这些记录标注为PubMed-indexed for MEDLINE。

（2）PreMEDLINE：最新的正在处理中的MEDLINE数据，尚未标引MeSH主题词，这些记录标注为PubMed-in process。

（3）publisher supplied citations：PubMed接收出版商提供的电子期刊文献数据，但一些综合性期刊中的非生物医学文献，PubMed并不收录，这些记录标注为PubMed-as supplied by publisher。

（4）OLDMEDLINE：1966年以前出版的MEDLINE数据，无MeSH字段和摘要，这些记录标注为PubMed-OLDMEDLINE。

PubMed整合在NCBI的统一检索平台Entrez上，与该平台上的其他数据库建立了无缝链接，可实现跨库检索，包括核苷酸序列库（Nucleotide）、基因组序列库（Genome）、基因库（Gene）、蛋白质序列库（Protein）、大分子结构库（Structure），以及免费生物医学数字化期刊全文数据库（PubMed Central，简称PMC）和图书库（Bookshelf）等。

3.PubMed的主要字段

PubMed的记录字段有69个，可检索的字段有43个。常用检索字段的标识、名称及含义参见表7-1。

表7-1　PubMed记录的常用字段一览表

续表

（二）检索途径与方法

进入PubMed主页面（见图7-1），页面上方为检索区，包括基本检索框、高级检索入口（Advanced）及帮助（Help）；页面中部为PubMed的三个专栏，分别是Using PubMed、PubMed Tools、More Resources，其检索途径主要分布在中部；页面下方为最新文献与热点文章。

图7-1　PubMed主页面

1.基本检索

PubMed的基本检索包括关键词检索、著者检索、期刊检索等，可实现精确检索、截词检索、字段限定检索、布尔逻辑检索等功能。PubMed有智能化词语自动匹配转换功能，系统会自动对输入的检索词进行分析、匹配、转换并检索。其工作原理是：对输入的检索词，系统首先依次在MeSH转换表、刊名转换表、短语表、著者索引表中转换成相应的词语，再将检索词在所有字段中检索，执行布尔逻辑“OR”运算。PubMed有智能拼写检查及词语自动提示功能，帮助用户正确选词。

（1）关键词检索。

在PubMed基本检索框中输入关键词，可以是单词，也可以是短语，点击“Search”，系统会按照词语自动匹配原理进行检索。如果输入短语词组，系统会自动将其拆分为单词后分别在所有字段进行检索，并用布尔逻辑运算符“AND”将几个单词联结检索。

完成检索后，在结果显示页面右侧的“Search Details”框中，会详细显示系统执行词语自动匹配的实际检索式。例如，在检索框中输入“Diabetes Mellitus”（糖尿病），点击“Search”，PubMed实际执行的检索式如图7-2所示。

图7-2　PubMed词语自动匹配功能

从上述说明可以看出，基本检索简单、易掌握，词语自动匹配功能有较好的查全率，同时能保证一定的查准率。

（2）著者检索。

在PubMed基本检索框中输入著者姓名，一般要求姓在前、名在后，姓常用全称，名常用首字母缩写。例如，输入“Smith HS”，可检索出姓为“Smith”，名的首字母为“HS”的所有著者的文献。为提高查准率，可以搭配著者单位、关键词等检索词。例如，输入“Smith HS AND University of Washington”，可以检索出华盛顿大学Smith HS发表的文献。

2002年以后的文献，PubMed可实现对姓名全称的检索，而且姓名排列顺序不限。

（3）期刊检索。

在PubMed基本检索框中输入期刊全称、标准的MEDLINE刊名缩写或ISSN，可检索出该期刊被PubMed收录的文献。

（4）截词检索。

在检索词后加“*”，可实现截词检索，同时匹配词干相同、词尾不同的词，以提高查全率。例如，输入“bacter*”，可以检索出bacteria、bacterium、bacteriophage等，词间逻辑关系为“O R”，如图7-3所示。此功能只限于单词，词组无效。截词检索时，系统会关闭词语自动匹配功能。

图7-3　PubMed截词检索功能

（5）强制检索。

在词组前后加上英文半角双引号，系统强制其作为一个不可拆分的检索单元，可实现精确检索，以提高查准率。例如，输入"single cell"，PubMed直接在所有可检索字段中查找含有短语single cell的文献，如图7-4所示。强制检索时，系统会关闭词语自动匹配功能，避免了词语自动匹配时将短语拆分可能导致的误检。

图7-4　PubMed强制检索功能

（6）字段限定检索。

利用字段标识，可进行字段限定检索，以提高查准率。在检索词后加上相应字段标识，可以避免词语自动匹配时在多个索引表中进行搜索、转换可能导致的误检。例如，输入“cell［SO］”，可检索出刊名中含有cell的期刊中的文献；输入“cell［TI］”，可检索出题名中含有cell的文献。

（7）布尔逻辑检索。

PubMed基本检索可直接进行“AND”“OR”“NOT”的布尔逻辑组配运算，运算符前后都必须空一格，而且运算符最好大写，如oncology AND treatment。运算优先级为：从左到右依次进行。如要改变运算顺序，可使用英文半角圆括号提高优先级，如common cold AND（vitamin c OR zinc），最先运算括号中的检索式。

2.高级检索（Advanced Search）

在PubMed的主页面点击“Advanced”，进入高级检索页面（见图7-5）。高级检索提供了Builder（检索式构建器）和History（检索历史）两种功能，支持布尔逻辑运算、字段限定检索、索引词表提示功能，可以进行多种字段的复合检索，可以查看、编辑检索历史，精准、高效。

（1）Builder（检索式构建器）。

系统默认提供两个检索输入框。如图7-6所示，检索时，在输入框左侧的下拉列表中选择所需的检索字段；在输入框中输入检索词，可通过右侧的“Show index list”显示该检索词的相关索引词，帮助用户正确选词，当在最后一个输入框中输入检索词时，系统会自动增加一个输入框，如需去除，可点击框后的“”；选择布尔逻辑运算符，系统默认“AND”，如需改变，通过框前的逻辑关系下拉列表选择相应的逻辑关系，按从前至后进行运算，完成检索式的构建后，点击“Search”，返回检索结果。

（2）History（检索历史）。

图7-5　PubMed高级检索页面

图7-6　检索式构建器功能

History按时间顺序记录检索过程中每一步检索的序号、检索式、检索结果数目和检索时间，最多可保留100条记录，保留8小时。通过History，可查看检索历史，点击检索结果数目可直接浏览该条记录的检索结果；点击序号会显示“Options”（选项），可执行布尔逻辑运算（AND in builder、OR in builder、NOT in builder），可选择删除该检索式（Delete from history），可显示检索结果（Show search results），可显示检索式详情（Show search details），可把检索式保存在NCBI（Save in My NCBI），如图7-7所示。

图7-7　检索历史功能

3.主题词检索（MeSH Database）

在PubMed的主页面点击“MeSH Database”，进入主题词检索页面。MeSH Database提供规范化主题词的定义、注释、历史变更、适用范围、匹配的副主题词、树状结构表等内容的描述，可进行主题词扩展检索、主题词组配副主题词检索。MeSH Database可以实现以下功能：帮助用户选择规范化的主题词；主题词组配恰当的副主题词，使检索结果更加专指；将主题词限定在主要主题词，使检索结果更加精准；对主题词进行扩展检索，提高查全率。主题词检索是PubMed最具特色的检索功能之一，能保证较好的检索效率。需要注意的是，主题词检索也有一定的缺陷，会漏掉一些文献：一是主题词检索只对来源于indexed for MEDLINE的文献记录有效，PubMed中其他来源的文献记录不支持；二是人工标引费时，已经入库的最新文献还未标引；三是一些新词、专指性很强的名词术语及概念没有对应的主题词。因此，在实际的检索过程中，应根据实际情况，综合应用多种检索途径。

检索时，进入MeSH检索页面，在检索框中输入检索词，点击“Search”，显示该概念相关的主题词及其定义。根据需要选择并点击合适的主题词，进入该主题词详情页面，显示主题词的定义及概念注释、可组配的副主题词（Subheadings）、款目词（Entry Terms）、树状结构表，如图7-8、图7-9所示。勾选所需副主题词（如果不做选择，系统自动选择组配全部副主题词），并选择是否加权检索（Restrict to MeSH Major Topic），是否扩展检索（Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy），点击“Add to search builder”，将其发送至“PubMed Search Builder”。可重复上述操作，对多个主题词进行检索，需选择与前一主题词之间适当的逻辑关系（AND、OR、NOT），检索式构建完成后点击“Search PubMed”执行检索，多种逻辑关系按照输入的先后顺序运算。

图7-8　主题词详细页面

图7-9　款目词及树状结构表

4.期刊数据库检索（Journals in NCBI Databases）

在PubMed的主页面点击“Journals in NCBI Databases”，进入期刊数据库检索页面，可查询PubMed及Entrez平台其他数据库所收录的期刊信息，可查看期刊的详细信息，包括出版国家、出版社、出版语言、所属学科等，通过系统提供的链接可对该期刊网站进行访问。可以期刊全名或刊名中某个词、刊名缩写、期刊主题或ISSN来检索，也可按学科进行浏览。

5.引文匹配器（Citation Matcher）

引文匹配器是以少量信息为线索，用来查找特定文献的完整题录信息。

（1）单篇引文匹配器（Single Citation Matcher）。

在PubMed的主页面点击“Single Citation Matcher”，进入单篇引文匹配器检索页面，可将已知的任何信息输入相应检索框中，包括有效的刊名信息、出版日期、卷、期、起始页码、作者、篇名中的任意词，用以查找某一篇文献的准确信息。

（2）批量引文匹配器（Batch Citation Matcher）。

按指定格式输入多条数据或直接上传包含多条数据的文件，处理结果将被发送至用户指定的邮箱。多用于出版商批量核对文献信息，一次可核对不超过100条文献，一般用户不使用。

6.临床查询（Clinical Queries）

临床查询是专门为临床医生和临床试验工作者设计的检索服务。在PubMed的主页面点击“Clinical Queries”，进入临床查询检索页面，包括Clinical Study Categories、Systematic Reviews、Medical Genetics三类检索。

（1）Clinical Study Categories：专用于查询疾病的etiology（病因）、diagnosis（诊断）、therapy（治疗）、prognosis（预后）及clinical prediction guides（临床预报指南）5个方面的文献。同时提供“narrow，specific search”（查准率较高）、“broad，sensitive search”（查全率较高）两个选项。

（2）Systematic Reviews：专用于查询Systematic reviews（系统评价）、Meta-analyses（Meta分析）、reviews of clinical trials（临床试验综述）、guidelines（临床指南）等循证医学文献信息。(https://www.daowen.com)

（3）Medical Genetics：专用于查询医学遗传学方面的文献，包括diagnosis（诊断）、differential diagnosis（鉴别诊断）、clinical description（临床描述）、genetic counseling（遗传咨询）、molecular genetics（分子遗传学）、genetic testing（遗传检测）等内容。

7.专题查询（Topic-Specific Queries）

专题查询整合了PubMed提供的其他专题检索功能，并提供链接，包括不同学科专题，如AIDS（艾滋病）、Bioethics（生物伦理学）、Cancer（癌症）、Complementary Medicine（互补医学）、Health Literacy（健康素养）等专题检索，以及不同期刊专辑。

8.临床试验（Clinical Trials）

临床试验提供美国及全世界170多个国家，经注册登记的临床试验的详细数据，是十分重要的循证医学信息资源。

（三）检索结果的处理

1.检索结果的显示

PubMed检索结果的显示包括显示格式（Format）、排序（Sort by）和每页显示结果数目（Per page），系统默认显示格式为Summary，检索结果按记录入库的时间降序排列，每页显示20条记录。

（1）检索结果显示格式。

系统提供多种显示格式，包括Summary、Summary（text）、Abstract、Abstract（text）、MEDLINE、XML、PMID List。常用的有三种：

Summary：题录格式，包括文献的标题、著者、出处、PMID、记录状态、非英文文献的原文语种。

Abstract：摘要格式，除了Summary显示的基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。

MEDLINE：全字段显示，以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果，字段内容主要包括文献的PMID、标题、摘要、著者、著者地址、出处、语种、出版类型、MeSH词、文献ID、出版状态等。

（2）检索结果排序。

系统默认按记录入库的时间降序（Most Recent）排列，首先显示最新入库的文献，也可按照需要选择Best Match（相关度）、Publication Date（出版时间）、First Author（第一作者）、Last Author（通讯作者）、Journal（期刊名称）、Title（篇名）排序方式。

（3）检索结果显示数目。

系统默认每页显示20条记录，也可根据需要更改为每页显示5、10、50、100、200条。

2.检索结果的精炼

在检索结果显示页面左侧系统提供有检索过滤器（additional filters），可以对检索结果进行精确的限定，以进一步精炼结果。可限定的条件有Article types（文献类型）、Text availability（可获得文本类型）、Publication dates（出版时间）、Species（研究对象物种）等，通过点击“Show additional filters”还可显示更多的限定条件。需要注意的是，选择过的限定条件会保持激活状态，自动在此后的检索过程中持续起作用，所以在做新的检索前，要通过点击“Clear all”，把之前的限定条件清空。

3.检索结果的保存及输出

PubMed提供多种保存及输出检索结果的方式，点击检索结果页面右上方的“Send to”下拉菜单可进行选择，有7种方式：File、Clipboard、Collections、E-mail、Order、My Bibliography、Citation manager。

File：可将选中的文献记录以文件的形式保存，格式可以选Summary（text）、Abstract（text）、MEDLINE、XML或PMID List。

Clipboard：可将选中的文献记录保存在剪贴板，可多次存入，存入剪贴板后页面右上角会出现“Clipboard：n items”的提示，点击可查看所有暂时保存的文献记录，方便集中处理。剪贴板中最多可保存500条记录，保存时间为8小时。

Collection：注册了“My NCBI”账号的用户，可以选择“Collection”，将选中的文献记录无限期保存在“My NCBI”中，可多次存入不同检索式的检索结果，每个账号最多可存500条，用户可对这些文献记录进行浏览、删除、合并等管理操作。

E-mail：可将选中的文献记录发送到指定邮箱中，便于异地存取。一次最多可发送200条文献记录。

Order：可向NLM订购选中文献的全文，需支付一定的费用。

My Bibliography：注册了“My NCBI”账号的用户，可以将选中的文献记录添加到“我的书目数据库”中。

Citation manager：可将选中的文献记录以数据库格式下载到本地电脑，以备导入到自己的文献管理软件中使用。

4.全文获取

PubMed提供部分文献的全文链接，用户通过PubMed获取的全文包括两种：

（1）免费全文，包括PMC（NLM开发的免费生物医学数字化期刊全文数据库）提供的全文、OA期刊、部分出版商提供的免费文献。

（2）用户所在单位已订购的数据库中收录的全文。

（四）检索实例

在PubMed中查找发表在柳叶刀（Lancet）期刊上有关氟尿嘧啶（Fluorouracil）在老年人（Aged：65+years、80 and over：80+years）胃癌（Stomach cancer）患者中的治疗应用情况的随机对照试验类型（Randomized Controlled Trial）的带全文（Full text）的相关文献。

1.课题分析

本课题涉及两个主要概念，即氟尿嘧啶（Fluorouracil）和胃癌（Stomach cancer），两者之间的逻辑关系为“AND”；还有期刊名柳叶刀（Lancet）、老年人（Aged：65+years、80 and over：80+years）、随机对照试验类型（Randomized Controlled Trial）、带全文（Full text）四个限定条件。PubMed有多种检索途径，本课题试用基本检索、主题词检索结合高级检索进行检索，分析对比不同检索的检索结果，以期得到较好的查全率与查准率。

2.检索过程

（1）基本检索结合高级检索。

①进入PubMed的基本检索页面，在检索框中直接输入两个关键词Fluorouracil、