丰富和创新中医学术思想
孟河医派历史悠久，各家名医辈出，著书立说，兼治多科，创立众多学术思想，促进了中医学的开拓与创新，特别是近代中医学术的发展影响极大。(https://www.daowen.com)
1.经典理论与临床实践相结合
近代中医学的发展中，很多地方能找到孟河医派的影子。案察孟河医派的学术之源，起于《内经》《伤寒论》《金匿要略》等中医之经典，表明孟河医派崇尚中医经典之学，同时强调师古不泥。如费氏悉心研究《灵枢》《素问》诸书，自仲景下迄时彦，所有著述并皆细细读之；马氏精于脉理之义，取经典之训，遣方用药以仲景之方为基础；丁氏以《伤寒》《金匿》为临床辨证论治的主要依据。可见孟河医家习医将中医经典奉为立身之根本，深入钻研《内经》《伤寒》等经典之学。
费伯雄在《医醇賸义》中指出“予非教人蔑古荒经，欲人师古人之意，而不泥古人之方，乃为善学古人”。费伯雄既强调师古的重要性，师古乃是医之基础、根本，又强调不拘执古人之成法，将《内经》、《伤寒》、《金匿》、“金元四家”等理论融会贯通，并在此基础上不断求新、发展；马培之穷其一生研习中医，对中医各科皆有深入研究，尤以外科见长，其认为病无常病，药无常方，不可拘泥成法而无变通；丁甘仁博众学，以《伤寒》《金匿》为辨证论治依据，融时论，研习吴门医学，在伤寒学派与温病学派之间，择善而取精华，伤温兼学，入时方出经方，灵活应用。这种重经典，但又不拘于经典的思想亦体现在当前中医教育与实践之中，从而不断丰富中医学术思想。
2.融各家学说于一体指导临床
孟河医派揽中医之大成，不论《内经》《难经》亦或伤寒、温病学说，再如金元诸家等，悉数容纳，不执于门派之争，熔各派学术于一炉。费伯雄不尊崇一家之言，告诫后世学者“于各家之异处，以求其同处”，悉心辨证，“用其长而化其偏”，方能取得良好的疗效。费绳甫治病取东垣、丹溪之长，主张治疗虚病应遵丹溪阳常有余，阴常不足之说，但应注意避免使用苦寒伤阳之药。马培之推崇王氏全生派，同时吸收容纳、正宗、心得两派之精华。丁甘仁拜伤寒大家汪莲石研习伤寒，且不介对温病学派的偏见，对吴门医学进行了深入研究。孟河医派摒弃门户之见，博采众长，寒温融通，容纳、吸收各家优秀的学术理论，取精华而弃糟粕。孟河医派摒弃门户，兼容各家学说，对中医学的发展起到了巨大的推动作用。
3.创寒温融合辨证体系
伤寒、温病两大学派对外感疾病的辨证理论完全不同，前者崇六经辨证，后者倡卫气营血辨证。孟河医派宗《伤寒论》之六经辨证，而又不拘泥伤寒方；师温病卫气营血的理论，而又不墨守于四时之温病，他们打破常规，将伤寒、温病两大学派对外感疾病的辨证理论融合，综合应用伤寒辨六经，温病辨卫气营血的医理精要，经方与时方并用，用伤寒方治疗时病，用时方治疗伤寒病，突破伤寒与温病分立的格局，创立了寒温融合的辨证体系，丰富了外感疾病的辨证论治体系。
孟河医派在外感热病的辨证方面，凡伤寒则依据邪从外来，循六经传变的规律，先辨清传变、并经、合病等情况，后施以适当的治法。凡温病则辨清风温与湿温，风温之邪自上受之，首先犯肺，逆传心包，病变最速；湿温之邪为表里兼受，其势弥漫，羁留气分时间最长，从阳则化热，从阴则变寒，症情错杂，随证应变。
费绳甫、巢渭芳等人在其医话、医案中，就有关于寒温互用的论述，如《费绳甫医话医案·温病三论》中论治邪热入营，不独逆传心包一症，还可入肺经，入胃经，入肝经，入血室，入膀胱经，等等，其用伤寒方治疗温病。丁甘仁对外感热病深有研究，他认为在临床实践时，必须把《伤寒论》与温病学说的辨证方法相互联系，而不能孤立，甚则对立起来；在治疗外感热病的过程中，必须将两种学说融会贯通，因人制宜，随宜选择应用。
丁氏并不把经方和时方作为划分界限，而是伤寒方与温病方同时采用，如伤寒案用阳旦汤、麻黄附子细辛汤、白虎汤、增液汤；发热壮盛而神昏者，用紫雪丹；高热肢冷、汗出神衰而病变危急者，用参附龙牡汤救急者，温病案中，风温证高热，重用白虎汤、麻杏石甘汤、银翘散、桑菊饮；暑温证高热神烦者，重用竹叶石膏汤、黄连香薷饮、牛黄清心丸；湿温证发热不解者，重用葛根芩连汤、柴葛解肌汤、黄连解毒饮、苍术白虎汤、调胃承气汤、甘露消毒丹、四逆散等；病变危重者，治热以犀角羚羊汤，治寒以附子理中汤。这些都充分体现了寒温融合，经方与时方并用的联合诊疗特色。孟河医家对伤寒温病融为一体的认识由浅入深，经过不断地发展，逐渐形成了寒温融合的辨证体系，对今天临床辨诊外感热病以及疫病均有重大影响。