企业进行海水淡化项目投资通常要与当地政府达成投资协议、特许经营权协议或用水协议等，在海水淡化项目的选择和资源整合配置中国内地方政府与企业相比处于强势地位，存在“小企业、大政府”和“有问题找市长不找市场”的问题，造成签约双方关系的不对等，由于政府换届或者主管领导调离等原因，政府有可能违反或废止协议，从而给企业造成损失。
