验收不合格的法律后果

根据 《最高院施工合同司法解释》第16条第3款规定：“建设工程施工合同有效，但建设工程经竣工验收不合格的，工程价款结算参照本解释第三条规定处理。”第3条规定：“建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；（二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。”

因此，关于合同有效但工程竣工验收不合格的违约问题，以法律拟制方式按合同无效情形处理。因承包方原因造成的工程竣工验收不合格问题，主要的不利法律后果如下：

1.承担无偿的返修义务

根据 《合同法》第281条规定，因施工人的原因致使建设工程质量不符合约定的，发包人有权要求施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。经过修理或者返工、改建后，造成逾期交付的，施工人应当承担违约责任。因此，因承包方原因导致工程未能按期通过竣工验收的，由于承包方无偿修理或者返工、改建工程，直至工程质量达到合同约定的质量要求。(https://www.daowen.com)

2.承担违约责任

因验收不合格导致的工期逾期问题是属根本性违约情形，承包方应当承担合同约定的违约责任。具体责任应以合同约定为准，常见的责任包括违约金和利息，若因逾期竣工验收造成经济损失的，违约方也要承担。

本案中，纳百川公司与土木工程公司签订的施工合同系双方真实意思，合同合法有效。虽然双方已解除合同关系，工程也未进入竣工验收程序，但对于已发生的工程量，土木工程公司仍然须对工程质量承担责任。根据合同第二部分 “通用条款”的第15.1条、《补充协议》第5条约定，明确约定了土建工程公司要确保由该完成工程的工程质量，并确保该部分工程验收合格，验收过程中发现质量问题而造成返工、修补等情况，由乙方负全责。故因承包人原因工程质量达不到约定的质量标准，承包人承担违约责任。