一、更新办学理念
面对教育振兴的新形势和任务，学校继续深入开展教育思想大讨论，不断提高对办学治校规律的认识，进一步转变教育思想，更新办学理念。1999年1月，孙一先在年度党代会上提出：“深入开展教育思想大讨论，进一步转变思想，更新观念，树立正确的发展观、人才观、质量观。在数量与质量的关系上更应重视质量。在智育与德育的关系上更应重视德育；在发展与改革的关系上更应重视改革。”同年3月，刘高航在五届四次教代会上再次强调：“要转变思想、更新观念。继续深入开展面向21世纪教育思想的学习和讨论。要在发展观、目标观、质量观上有较大转变，并突出育人工作的中心地位和教学工作的主旋律，牢固树立特色意识，增强学院竞争力。”
2000年5月8日，召开第五次党代会。党委工作报告在谈到未来5年的基本任务时强调：“继续发扬‘团结自强、拼搏向上’的昌航精神，以学科建设为龙头，坚定不移地加快发展，坚定不移地推进各项改革，坚定不移地加强党的建设和精神文明建设，走出自己的办学路子，突出自己的办学特色，培养出自己有个性的学生，使学院的办学活力、竞争实力和社会影响力处于江西高校的前列。”
2001年2月召开的年度党代会讨论并批准《南昌航空工业学院“十五”发展计划》，其中明确提出“十五”期间学校发展的指导思想：“坚定不移地把学科建设放在龙头地位，坚定不移地加快发展，坚定不移地强化‘质量是生命线’的观念，坚定不移地推进各项改革，坚定不移地加强党的建设和精神文明建设，走出自己的办学路子，形成自己的办学特色，培养出自己有个性的学生，提高学校在社会的影响力和竞争力，把学校建设成万人以上规模的多科性大学。” 同时提出：“基本形成机械加工、材料工程、电子信息、环境工程等几个能互相交叉、渗透的学科群，在制造工艺和测试技术上办出特色。”
2002年，刘高航在50周年校庆的讲话中对学校办学理念和精神作了总结：“在50年的办学实践中，学校始终坚持社会主义办学方向，坚持科学定位并不断理清办学思路，坚持规模、结构、质量、效益协调发展的全面发展观，坚持全心全意依靠教职工办学的基本方针，把‘坚持方向、找准位置、深化改革、内涵发展、提高质量、办出特色’作为办学指导思想。在教学实践中，坚持以本科教育为主，培养德智体全面发展的面向工程第一线的应用型高级技术人才，坚持探索工程教育与工程训练相结合的培养模式。”
2003年2月，在年度党代会中，党委工作报告提出要不断更新教育观念，并指出应树立“六个观念”：“教育创新的前提是教育观念的创新。要认真学习江泽民在北师大百年校庆的讲话和十六大报告关于教育的论述，树立可持续发展的观念，教学以学生为主体、为学生服务的观念，人才培养模式多样化的观念，思想道德、科学文化和健康素质一致性的全面素质教育观念，从以传授知识为主转向培养学生以学会学习和创造为主的观念，高等教育进入大众化以后新的人才质量观念。”
在2004年3月召开的年度党代会中，党委作了题为“坚持以人为本，树立科学发展观，努力开创学院各项工作的新局面”的工作报告，强调“坚持‘育人为本、质量立校、特色发展’的办学理念；坚持‘立足江西、面向全国，服务地方、服务国防’的服务方向；坚持有所为、有所不为的原则；以应用学科为主体，强化航空航天特色，突出工科优势，重视理科建设，加速管理学科和文科发展，加强学科之间的交叉和渗透，形成以工、管、文等三大学科为主干的多学科协调发展的学科格局”。随后，在2005年的第七次教学工作会议的报告《深化教学改革、加大教学投入、规范教学管理、加快教学建设，切实提高教学质量》和同年制定的《关于进一步加强教学工作的若干规定》中，再次重申了这一办学思想。(https://www.daowen.com)
2006年3月，年度党代会的党委工作报告提出未来5年的发展思路：“以育人为本，全面实施素质教育，稳步提高教学质量，培养适应社会发展需要的基础扎实、实践能力强、具有团队协作和创新创业精神的复合型人才；坚持学科建设的龙头地位，大力提升自主创新能力；密切产学研合作，积极为区域经济社会发展和国防现代化建设服务。加强内涵建设，深化各项改革，着力建设一所特色突出、优势明显、充满活力、和谐发展的多科性教学研究型航空大学。”同年4月，制定了《南昌航空工业学院“十一五”发展计划》，强调在办学思路上要从办学规模的持续扩大转移到更加注重以质量、特色为主的内涵建设上来，进一步指明了学校未来发展的思路和方向。
2007年11月2日，学校党委理论学习中心组召开扩大会议，组织集体学习贯彻落实党的十七大精神。在党的十七大精神指引下，学校党委秉承办学传统，遵循教育教学规律，以社会经济发展需求为导向，集中全校师生的智慧和创造，进一步凝练了南昌航空大学的办学指导思想，即以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，以科学发展观统领学校全局；坚持社会主义办学方向，全面贯彻党的教育方针；坚持“育人为本、质量立校、特色发展”的办学理念；坚持“立足江西，面向全国，服务地方，服务国防”的服务面向；坚持以学科建设为龙头，以人才培养为根本，以科学研究和社会服务为支撑，以师资队伍建设为保障，以改革和创新为动力，着力建设一所工科优势突出、航空特色鲜明的多科性教学研究型大学。
2008年5月19日，余欢在迎接教育部本科教学工作水平评估汇报会上，系统地阐述了学校的办学指导思想。同时，凝练出“创新大学生德育工作”和“着力培养大学生工程应用能力”两大办学特色。
在2009年3月起开展的深入学习实践科学发展观活动中，学校党委充分运用学习调研、征求意见、广泛谈心、民主生活会成果，精心撰写学校领导班子分析检查报告，报告强调：“在发展目标和办学类型定位上，以办人民满意的高等学校为根本宗旨，全面开展第三次创业，全力建设一所工科优势突出、航空特色鲜明的多科性教学研究型航空大学。”
2010年9月，学校党委下发《关于进一步加强和改进育人工作的若干意见》，明确学校育人工作的基本原则是：坚持育人为本，德育为先，能力为重，全面发展；坚持文化知识学习与思想品德修养相统一、理论学习与社会实践相统一、全面发展与个性发展相统一；坚持教书育人、科研育人、管理育人、服务育人相结合，教育与管理相结合，教育与自我教育相结合，解决思想问题与解决实际问题相结合，继承优良传统与改进创新相结合；坚持“学生为本，教师为主”，把育人工作重心下移，强化各学院的育人工作主体地位。同时，还明确育人工作的工作目标是：不断强化广大教职员工的育人意识，形成全员育人、全过程育人、全方位育人的办学新格局。