不同部门主导试点产生不少政策协调困难和重复工作，制度整合过程中的部门利益干扰突出

城乡居民基本医保并轨整合并不是中央政府自上而下全局整体推进的一项改革，而是个别地方的试点行为，中央、省级的新农合与城镇居民医保还是分别由卫生部门和人社部门分别管理经办，导致试点地区统筹后的管理体制不顺畅，出现上下管理体制的“肠梗阻”。在居民医疗保险城乡统筹后，既要遵照人社部门的统一部署，又要执行卫生部门的有关政策，难以协调和统筹。尤其是有关数据的统计和上报，仍然需要人为地拆分为新农合和城镇居民医保，上报给不同主管部门，既增加了基层的工作量，又增加了工作难度。