现行基本医保管理机构重叠，职能雷同，政事不分

城镇职工基本医疗保险以及城镇居民基本医疗保险由人社部门下属的城镇职工基本医疗保险事业管理局监管，新农合则由卫生部门下属新农合管理办公室监管。上述两个机构职能基本相同，各自独立运行，都存在政事不分的根本性问题。新农合还存在医保与医疗服务统于一家，管办不分的问题。