长大一些后，宋应星又求学于新建学者邓良知。而后，又拜在南昌府著名学者舒曰敬的门下求学，与涂绍煃、万时华等人同窗。舒曰敬的这些弟子后来都成了明末时期江西有名的学者。
邓良知、舒曰敬都是进士出身，而且又都是做官时因不满腐败政治而退出官场的正派人物。他们仿效东林党人，以书院讲坛作为据点，教授学生，宣传自己的先进思想。宋应星等人在这些人门下长期受教，自然而然地受到了不少他们政治改良思想的影响，同时，学业也是突飞猛进。
