总理衙门的弊端
第二次鸦片战争以前，以英国为首的西方资本主义国家一直在抱怨清廷没有一个专办外交的机构，遇事只得与地方督抚交涉办理，但各地方督抚又往往互相推诿。1861年1月13日，即总理衙门正式设立之前，奕会见英国驻华使馆参赞威妥玛时，向其“微露有设立总理外国事务衙门，专办各外国事务”之意。“该公使[259]闻之，甚为欣悦”，认为中国“如能设立专办外国事务地方”，“是数十年求之不得”[260]的好事。总理各国事务衙门设立后，西方国家驻华使节普遍表示欢迎，并纷纷照会恭亲王奕表示祝贺。1861年2月18日，英国驻华公使卜鲁斯照会恭亲王奕称：“中外各国何以能保将来无不和好之道，莫若各邦大臣与中华大吏直达无阂。此次新立衙署，足见贵国亦有此意，本大臣实深欣慰。更悉贵亲王仍总其事，尤切忻悦。”法国驻华公使布尔布隆给清廷照会也称：清廷设立总理衙门，“此实中外各国永敦睦好之最妙良法，本大臣甚为庆贺”，“足为永久和好之先兆”。[261]自外国侵略势力进入中国之日起，他们就力图按照自己的面貌和要求来改造中国社会，总理衙门的设立，可以说或多或少地受到了他们的影响。
但是，伴随着时间的推移和外国各种侵略势力的不断深入，西方国家对总理衙门越来越不满意。英国公使威妥玛甚至公然叫嚣说：“总署（总理衙门—引者注）向来总云从容商办，究是一件不办，今日骗我，明日敷衍我，以后我断不能受骗了”，“非先换总署几个人不可”，[262]“实信不过总理衙门，所说之话，所办之事，全是骗人”。[263]威妥玛对总理衙门大臣文祥、沈桂芬亦极不满意，声称：“我在中国当了七年驻京大臣，受尽文中堂磨折，呕气已多。今文中堂去世，又有沈中堂，办事也是一样路数，无非薄待洋人，欺瞒哄骗，不免有种种爽约之处。”[264]
20世纪初，清廷设立专管外交的外务部，已成为历史的必然，这是因为：
首先，总理衙门并非专办外交的机构，但凡与外洋有关的一切事务皆归其管辖。1898年9月13日，刑部郎中沈瑞琳曾指出：“夫铨叙之政，吏部主之，今则出洋大臣期满，专由该（总理—引者注）衙门请旨；海关道记名，专保该衙门章京，而吏部仅司注册而已。出纳之令，户部掌之，今则指拨海关税项，存储出洋公费，悉由该衙门主持，而户部仅司销核而已。互市以来，各国公使联翩驻京，租界约章之议，燕劳赉赐之繁，皆该衙门任之，而礼部主客之仪如虚设矣。海防事起，力求振作，采购战舰、军械，创设电报、邮政，皆该衙门专之，而兵部武库、车驾之制，可裁并矣。法律本掌于刑部，自各国以公法相持，凡交涉词讼之曲直……甚或教案一出，教士多方袒护，畸轻畸重，皆向该衙门理论，而刑部初未与闻也。制造本隶于工部，自各国船坚械利，耀武海滨，势不得不修船政、铁政，以资防御，迄今开办铁路，工作益繁，该衙门已设有铁路、矿务总局矣，而工部未遑兼顾也。”[265]
面对总理衙门事实上已综理清廷吏、户、礼、兵、刑、工六部部务的情况，外国方面不断要求清廷设立一个与各国外交部相对应的专办外交，而不是兼理各种洋务的机构。同时，他们认为总理衙门的名称也不足以充分体现其权威性和重要性，而应将其命名为外交部之类，位列六部之前。(https://www.daowen.com)
其次，总理衙门虽为清廷新设机构，与传统的六部衙门有所不同，但在其设立之初，并非正式常设机构，呈现出一定的过渡性和临时性，各级官员多为兼差，办事拖沓敷衍，效率低下；同时，总理衙门毕竟是参酌了清廷旧有军机处和各衙门的成例，因此难免带有某些旧官僚机构的色彩。
英国驻华公使威妥玛归国后，对总理衙门中的官僚作风曾予以肆意讥讽。他说，中国的总理衙门与欧洲各国外交部迥然不同，“凡各国使臣至总理衙门，必具酒果，王大臣以次陪客同坐，一若以饮食为交涉之要务也者”。特别是中国负责外交事务的官员，遇事敷衍，既无人敢于负责，也无人敢于公开表述个人的意见。在与外国使臣交涉时，“每使臣发一议论，则各人以目相视。大臣视亲王，新入署之大臣又视旧在署之大臣，若王一发言，则各人轰然响应，亦莫非是言。若亲王不言，诸大臣必不敢先言也。一日余至署，诸人相顾无敢先发一语。余不能复耐，乃先发言曰：‘今日天气甚好’，而诸人尚不敢言，惟沈君某者似觉不可复默，乃首答曰：‘今日天气果好’，于是王大臣莫不曰：‘今日天气果好’”。时人认为，威妥玛的上述言论，“固嫌过甚，然谓中国事权不归一，而各人仍不敢自抒己见云云，实切中症结”。[266]
另外，总理衙门一方面要适应列强入侵后所导致的一系列新形势的变化，另一方面又要维持旧制及天朝大国的尊严，因而在其职能与性质上，表现出相当程度的复杂性与矛盾性，也必将引起西方列强的不满。
再次，仅就“外交”一事而言，总理衙门也并没能总理。在清廷的外交实践中，许多外交事务为南、北洋，特别是北洋大臣所分掌。以致一位英国外交官说：北洋大臣李鸿章“甚至不想掩盖他实际上是中国的外交大臣这一事实”，“像现在这样组成，这样管理的总理衙门，只不过是李鸿章大学士在天津的衙门的一个分支机关”。[267]这种地方大员分掌部分、甚至是大部分国家外交权的状况，有时有利于外国对华外交讹诈，攫取各种侵略特权，但在很多情况下又会不利于他们的对华总体外交。1897年李鸿章出访欧美五国时，英国驻华公使曾为此大发牢骚称：本大臣之所以驻扎北京，“非以北京为乐土也”，实因北京应握有外交实权，不意“贵国之掌外交者，反在数百里外”。第二次鸦片战争以前，西方“各国叹华权之散漫。既战以后，特派驻京公使，复请中朝设立总署，以收外省之权”。不料总理衙门设立后，一切仍旧，“明明应问京师之事，反令驰诣天津（直隶总督衙门—引者注）”。西方各国强烈要求清廷改变这一状况，俾使外国公使可“安处于京师，不再奔问于外省”。[268]
正是缘于以上种种原因，总理衙门设立后，西方国家中就不断有人对其进行批评，要求做某些必要的改革。