阅片或穿刺取材异常是病理误诊的主要原因。最常见的细胞学误诊原因是将甲状腺淋巴瘤的淋巴细胞误诊为桥本甲状腺炎。其次是误将滤泡细胞及嗜酸细胞腺瘤当作乳头状癌诊断。另外，取材不当或抽吸出细胞成分太少是引起假阴性结果的部分原因。
